Bowtie
一个快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具
开源协议:Artistic License 2.0
开发语言:C++

软件介绍

Bowtie是一个快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。

建议使用版本为“bowtie 1.2.3”。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KCI实例测试,云服务器配置如表 1-1 所示。

表1-1  云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)


操作系统要求

操作系统要求如表 1-2 所示。

表1-2  操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel4.14.0-115

在公共镜像中已提供。


1.     配置编译环境

安装相关依赖。

yum install gcc gcc-c++ zlib-devel -y

2.     获取源码

获取“bowtie 1.2.3”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip

3.     编译和安装

1)解压并进入源码目录。

unzip v1.2.3.zip

cd bowtie-1.2.3

2)修改Makefile文件。

vim Makefile

修改前。

BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
       BITS=64
endif
# msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.
ifneq (,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))
       ifeq (1,$(MINGW))
              BITS=64
       endif
endif
 
ifeq (1,$(LINUX))
    ifeq (x86_64, $(shell uname -p))
        BITS=64
    endif
endif
 
ifeq (32,$(BITS))
    $(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform )
endif
 
DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 -m64
RELEASE_FLAGS = -O3 -m64
NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE

修改后(加粗为新增加内容,其余的内容不变)。

BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
    BITS=64
endif
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
    BITS=64
endif
# msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.
ifneq (,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))
    ifeq (1,$(MINGW))
        BITS=64
    endif
endif
 
ifeq (1,$(LINUX))
    ifeq (x86_64, $(shell uname -p))
        BITS=64
    endif
endif
 
ifeq (32,$(BITS))
    $(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform )
endif
 
#DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 -m64
#RELEASE_FLAGS = -O3 -m64
#NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
#FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
M64_FLAG := -m64
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
    M64_FLAG :=
endif

3)添加环境变量。

export NO_TBB=1

export POPCNT_CAPABILITY=0

4)编译Bowtie。

make -j4

5)添加环境变量。

vim /etc/profile

将如下内容写入文件最后一行。

export PATH=/usr/local/src/bowtie-1.2.3:$PATH

保存并退出,然后执行如下命令是环境变量生效。

source /etc/profile

4.    运行和验证

查看Bowtie版本信息。

bowtie --version

回显类似如下信息表示Bowtie安装成功

/usr/local/src/bowtie-1.2.3/bowtie-align-s version 1.2.3
64-bit
...

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