鲲鹏社区 软件 ballgown
ballgown
RNA-Seq数据差异表达分析的R语言包
开源协议:Artistic-2.0
开发语言:R

软件介绍

ballgown是R语言软件包,主要用于统计转录组的统计分析,包括灵活的差异表达分析。

建议使用版本为“ballgown-2.20.0”。

环境要求

硬件要求

本文以KCI实例测试,配置如表 1-1 所示。

表1-1  云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)


操作系统要求

操作系统要求如表 1-2 所示。

表1-2  操作系统要求

项目

说明

下载地址

Ubuntu

18.04

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.15.0

在公共镜像中已提供。


1.     配置编译环境

1)安装相关依赖。

apt-get install -y liblapack-dev libxml2-dev libxml++2.6-dev libpng++-dev libjpeg62-dev libssl-dev gfortran libreadline-dev libxt-dev libbz2-dev  liblzma-dev libghc-curl-dev libghc-zlib-dev libpcre++-dev

2)安装R语言。

a. 获取“R-3.6.1”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

b. 解压并进入R源码包。

tar -zxvf R-3.6.1.tar.gz && cd R-3.6.1

c. 编译安装R。

./configure --prefix=/usr/local/R-3.6.1 --enable-R-shlib

make -j4 && make install

d. 配置R环境变量。

vim /etc/profile

添加如下内容:

export PATH=/usr/local/R-3.6.1/bin:$PATH

e. 保存退出,执行如下命令是环境变量生效。

source /etc/profile

2.     编译和安装

1)进入R语言交互界面。

R

2)执行R指令安装ballgown。

if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))

install.packages("BiocManager")

在弹出的服务器地址中选择对应的地址号,然后回车输入。

... 
14:  China  (Hong Kong)  [https] 
15:  China  (Guangzhou)  [https] 
16:  China  (Lanzhou)   [https] 
17:  China   (Shanghai)  [https] 
...

BiocManager::install("ballgown")

中途会弹出一个信息输入提示,输入“a”回车即可。

Making 'packages.html' ... done 
Old packages: 'boot', 'class', 'KernSmooth', 'lattice', 'MASS', 'Matrix',  
  'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'spatial' 
Update all/some/none?  [a/s/n]:

3.    运行和验证

1)查看R语言库。

library()

回显的R包列表信息按“↓”键向下翻,会出现如下信息。

ballgown                Flexble,isoform-level differential expression 
                     analysis

2)引入ballgown包。

library("ballgown")

未出现报错信息则代表引入成功。

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