解决方案架构

架构简介

HPC解决方案总体架构由:基础设施、硬件平台、中间件、行业应用层组成。

行业应用

当前可以支持并应用的行业,包含制造、生命科学、气象、教育科研、EDA、超算中心等

系统部署

需要提前做好软件生态环境的准备,包括CentOS、集群搭建、作业调度、MPI通信(OpenMPI/Hyper MPI)、编译器安装(鲲鹏GCC

硬件平台

提供多样化的计算资源、高性能存储及主流高速网络

基础设施

包括鲲鹏服务器,数据中心能源解决方案、机柜及液冷解决方案

解决方案优势

  • 高性能

    基于鲲鹏计算平台,鲲鹏920处理器,最高64核,8内存通道,适合访存密集型及整型计算为主应用,华为智能网卡、SSD、Atlas加速卡,加速高性能计算应用,提升客户应用性能表现

  • 高能效

    板级液冷,内存间走水,扰流强化换热,全液冷机柜散热,PUE低至1.05,降低客户管理运维成本

  • 安全可靠

    自研芯片、操作系统、MPI、编译器、数学库等,掌握关键核心技术,提供产品可持续供应能力 ,遵从商业环境要求,信息安全主动防护,保障客户放心部署应用

  • 开放生态

    开放合作,与ISV、合作伙伴、开发者、产业联盟共建全栈生态,兼容主流企业应用软件,支持丰富应用快速平滑移植,降低客户迁移成本

Document
应用迁移向导
01 基础环境搭建
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。
基础环境搭建指导
软件 GNU
软件 GMP
版本号6.1.0
文档
软件 MPC
版本号1.0.3
源码包 mpc-1.0.3.tar.gz
文档
软件 MPFR
版本号3.1.4
文档
软件 OpenMPI
版本号4.0.1
文档
软件 IB驱动
版本号4.6-1.0.1.1
文档
软件安装指导
软件 GNU
版本号9.1.0
源码包 gcc-9.1.0.tar.xz
文档 GNU 9.1 安装指南
软件 HTCondor
版本号8.9.2
文档 HTCondor 8.9.2 安装指南
软件 Lustre
版本号2.12.2
文档 Lustre 2.12.2 安装指南
软件 OpenHPC
版本号1.3.8
文档 OpenHPC 1.3.8 安装指南
软件 OpenMPI
版本号4.0.1
文档 OpenMPI 4.0.1 安装指南
软件 Slurm
版本号18.08.7
文档 Slurm 18.08.7 安装指南
02 移植
HPC解决方案行业应用软件所需源码包和移植指导如下所示。
基因测序
软件 Canu
版本号 v1.8
源码包 canu-1.8.tar.gz
软件 BWA
软件 CNVnator
软件 Cufflinks
软件 QUANTUM ESPRESSO
软件 BLAST
软件 HISAT2
软件 GATK
版本号 4.0.0.0
源码包 gatk-4.0.0.0.zip
软件 STAR
软件 Tophat2
软件 Bowtie
软件 FastQC
软件 Beagle
软件 Bowtie
软件 pblat
软件 SnpEff
软件 Velvet
软件 XHMM
软件 pysam
软件 Abyss
软件 Chaste
软件 COPASI
软件 FASTA
软件 gamp
软件 VarScan
软件 Minimap2
软件 bedtools
软件 BEAST2
软件 bcftools
软件 Picard
软件 SOAPdenovo
气象
软件 WRF
版本号 3.8.1
源码包 WRF-3.8.1.tar.gz
软件 CAMx
软件 Bifrost
软件 CESM
软件 WAVEWATCH III
软件 ROMS
版本号 3.6
源码包 ROMS_3.6
软件 FVCOM
软件 MITGCM
软件 POM
版本号 POM2K
源码包 POM2K
软件 MOM
版本号 6
源码包 通过git命令下载
软件 Specfem3d_globe
软件 CMAQ
软件 SWAN
版本号 41.31
源码包 swan4131.tar.gz
制造
软件 OpenFOAM
软件 SU2
软件 PALABOS
软件 Deal.II
软件 AMG
版本号 1.2
源码包 AMG-1.2.zip
软件 Code Saturne
软件 FDS
软件 Elmer
教育科研
软件 Lammps
软件 VASP
软件 NAMD
软件 Gromacs
软件 ABINIT
软件 AmberTools
软件 CP2K
软件 NWChem
软件 ROOT
软件 CP2K
软件 Geant4
软件 Ont-tombo
版本号 1.5.1
源码包 通过pip命令下载
软件 DL_POLY
软件 GAMESS
版本号
源码包
其他
软件 SGE
版本号 8.1.9
源码包 sge-8.1.9.tar.gz
软件 Conda
版本号 4.3.16
源码包 通过pip命令下载
软件 MiniFE
软件 NPB
版本号 3.4
源码包 NPB3.4.tar.gz
软件 MiniDFT
软件 miniGhost
03 调优
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书
应用迁移向导
  • 基础环境搭建
  • 移植
  • 调优
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。

基础环境搭建指导

软件 版本号 源码包
GNU 9.1.0 gcc-9.1.0.tar.xz
GMP 6.1.0 gmp-6.1.0.tar.bz2
MPC 1.0.3 mpc-1.0.3.tar.gz
MPFR 3.1.4 mpfr-3.1.4.tar.bz2
OpenMPI 4.0.1 openmpi-4.0.1.tar.gz
IB驱动 4.6-1.0.1.1 MLNX_OFED_LINUX-4.6-1.0.1.1-rhel7.6alternate-aarch64.tgz

软件安装指导

软件 版本号 源码包 文档
GNU 9.1.0 gcc-9.1.0.tar.xz GNU 9.1 安装指南
HTCondor 8.9.2 htcondor-8_9_2.tar.gz HTCondor 8.9.2 安装指南
Lustre 2.12.2 lustre-2.12.2.tar.gz Lustre 2.12.2 安装指南
OpenHPC 1.3.8 OpenHPC-1.3.8.CentOS_7.aarch64.tar OpenHPC 1.3.8 安装指南
OpenMPI 4.0.1 openmpi-4.0.1.tar.gz OpenMPI 4.0.1 安装指南
Slurm 18.08.7 slurm-18.08.7.tar.bz2 Slurm 18.08.7 安装指南
HPC解决方案行业应用软件移植所需源码包和移植指导如下所示。

基因测序

软件 版本 源码包 文档
Canu v1.8 canu-1.8.tar.gz CANU 1.8 移植指南(CentOS 7.6
BWA 0.7.17 bwa-0.7.17.tar.bz2 BWA 0.7.17 移植指南(CentOS 7.6)
CNVnator v0.4.1 CNVnator_v0.4.1.zip CNVnator v0.4.1 移植指南(CentOS 7.6)
Cufflinks 2.2.1 cufflinks-2.2.1.tar.gz Cufflinks 2.2.1 移植指南(CentOS 7.6)
QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 q-e-qe-6.4.1.tar.gz QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南(CentOS 7.6)
BLAST 2.9.0 ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz BLAST 2.9.0 移植指南(CentOS 7.6)
HISAT2 2.1.0 hisat2-2.1.0.tar.gz HISAT2 2.1.0 移植指南(CentOS 7.6)
GATK 4.0.0.0 gatk-4.0.0.0.zip GATK 4.0.0.0 移植指南(CentOS 7.6)
STAR 2.7.1a STAR-2.7.1a.tar.gz STAR 2.7.1a 移植指南(CentOS 7.6)
Tophat2 2.1.1 tophat-2.1.1.tar.gz Tophat2 移植指南(CentOS 7.6)
Bowtie 2.2.4.1 bowtie2-2.4.1-source.zip Bowtie2 2.4.1 移植指南(CentOS 7.6)
FastQC v0.11.9 fastqc_v0.11.9.zip FastQC 0.11.9 移植指南(Centos 7.6)
Beagle 5.1 beagle.27Apr20.b81.jar Beagle 5.1 移植指南(CentOS 7.6)
Bowtie 1.2.3 bowtie-1.2.3.zip Bowtie 1.2.3 移植指南(CentOS 7.6)
pblat 2.1 pblat-2.1.tar.gz pblat 2.1 移植指南(CentOS 7.6)
SnpEff V4_3 snpEff_v4_3_core.zip SnpEff V4_3移植指南(CentOS 7.6)
Velvet 1.2.10 v1.2.10.tar.gz Velvet 1.2.10 移植指南(CentOS 7.6)
XHMM statgen-xhmm-998f7c405974.zip XHMM 移植指南(CentOS 7.6)
pysam 0.15.4 pysam-0.15.4.tar.gz pysam 0.15.4 移植指南(CentOS 7.6)
Abyss 2.2.4 abyss-2.2.4.tar.gz Abyss 2.2.4 移植指南(CentOS 7.6)
Chaste 2019.1 Chaste-release_2019.1.tar.gz Chaste 2019.1 移植指南(CentOS 7.6)
COPASI 4.27.217 COPASI-Build-217.tar.gz COPASI 4.27.217 移植指南(CentOS 7.6)
FASTA 36-36.3.8 fasta36-36.3.8h_04-May-2020.tar.gz FASTA 36.3.8 移植指南(CentOS 7.6)
gamp 2015-09-21 gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz gmap 2015.9.21 移植指南(CentOS 7.6)
VarScan 2.4.4 varscan-2.4.2.tar.gz VarScan 2.4.2 移植指南(CentOS 7.6)
Minimap2 minimap2-master.zip Minimap2 移植指南(CentOS 7.6)
bedtools 2.29.2 bedtools-2.29.2.tar.gz bedtools 2.29.2 移植指南(CentOS 7.6)
BEAST2 V2.6.3 BEAST.v2.6.3.Linux.tgz BEAST2 2.6.3移植指南(CentOS 7.6)
bcftools 1.10.2 bcftools-1.10.2.tar.bz2 bcftools 1.10.2 移植指南(CentOS 7.6)
Picard 2.23.3 picard.jar Picard 2.23.3 移植指南(CentOS 7.6)
SOAPdenovo r241 SOAPdenovo2-r241.tar.gz SOAPdenovo r241 移植指南(CentOS 7.6)

气象

软件 版本 源码包 文档
CESM 2.1.1 cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz CESM 2.1.1 移植指南(CentOS 7.6)
Bifrost v1.1.1 Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz Bifrost V1.1.1 移植指南(CentOS 7.6)
WRF 3.8.1 WRF-3.8.1.tar.gz WRF 3.8.1 移植指南(CentOS 7.6)
CAMx 6.50 CAMx_v6-50-src-180430.tgz CAMx 6.50 移植指南(CentOS 7.6)
WAVEWATCH III 6.07.1 WW3-6.07.1.tar.gz WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南(CentOS 7.6)
NEMO v3.6 NEMO_releases_release-3.6-10083.zip NEMO V3.6 移植指南(CentOS 7.6)
ROMS 3.6 ROMS_3.6 ROMS 3.6 移植指南(CentOS 7.6)
FVCOM 4.1 FVCOM-4.1.tar.gz FVCOM 4.1 移植指南(Centos 7.6)
MITGCM c67o MITgcm_c67o.tar.gz MITGCM c67o 移植指南(Centos 7.6)
POM POM2K POM2K POM 移植指南(Centos 7.6)
MOM 6 通过git命令下载 MOM 6 移植指南(CentOS 7.6)
SMOKE 4.7 smoke_v47.Linux2_x86_64ifort.tar.gz、smoke_v47.nctox.data.tar.gz、smoke_install_v47.csh SMOKE 4.7 移植指南(CentOS 7.6)
Specfem3d_globe 7.0.0 v7.0.0.tar.gz Specfem3d_globle 7.0.0 移植指南(Centos 7.6)
CMAQ 5.3.1 CMAQ-CMAQv5.3.1_19Dec2019.tar.gz CMAQ 5.3.1移植指南(CentOS 7.6)
SWAN 41.31 swan4131.tar.gz SWAN 41.31 移植指南(CentOS 7.6)

制造

软件 版本 源码包 文档
OpenFOAM v1906 OpenFOAM-v1906.tgz OpenFOAM 1906 移植指南(CentOS 7.6)
SU2 6.0.1 SU2-6.0.1.tar.gz SU2 6.0.1 移植指南(CentOS 7.6)
PALABOS v2.1r0 palabos-v2.1r0.zip PALABOS 2.1r0 移植指南(Centos 7.6)
Deal.II 9.1.1 dealii-9.1.1.tar.gz Deal.II 9.1.1 移植指南(Centos 7.6)
AMG 1.2 AMG-1.2.zip AMG 1.2 移植指南(CentOS 7.6)
Code Saturne 6.0.2 V6.0.2.tar.gz Code Saturne 6.0.2 移植指南(CentOS 7.6)
FDS 6.7.4 fds-FDS6.7.4.tar.gz FDS 6.7.4 移植指南(CentOS 7.6)
Elmer 8.4 elmerfem-scc20.tar.gz Elmer 8.4 移植指南(CentOS 7.6)

教育科研

软件 版本 源码包 文档
Lammps 5 June 2019 lammps-5Jun19.tar.gz Lammps 5 June 2019 移植指南(CentOS 7.6)
VASP 5.4.4 vasp.5.4.4.tar.gz VASP 5.4.4 移植指南(CentOS 7.6)
NAMD 2.13 NAMD_2.13_Source.tar.gz NAMD 2.13 移植指南(CentOS 7.6)
Gromacs 2019.3 gromacs-2019.3.tar.gz Gromacs 2019.3 移植指南(CentOS 7.6)
ABINIT 8.10.3 abinit-8.10.3.tar.gz ABINIT 8.10.3 移植指南(CentOS 7.6)
AmberTools 19 AmberTools19.tar.bz2 AmberTools 19 移植指南(CentOS 7.6)
CP2K 4.1 cp2k-4.1.tar.bz2 CP2K 4.1 移植指南(CentOS 7.6)
NWChem 6.8.1 NWChem-6.8.1-release.tar.gz NWChem 6.8.1 移植指南(CentOS 7.6)
ROOT 6.2 root_v6.20.00.source.tar.gz ROOT 6.20 移植指南(Centos 7.6)
CP2K 7.1 cp2k-7.1.tar.gz CP2K 7.1 移植指南(CentOS 7.6)
Geant4 10.6 geant4.10.06.p01.tar.gz Geant4 10.6 移植指南(CentOS 7.6)
Ont-tombo 1.5.1 通过pip命令下载 Ont-tombo 1.5.1 移植指南(CentOS 7.6)
DL_POLY 1.10 dl_poly-RELEASE-1-10.tar.gz DL_POLY 1.10 移植指南(CentOS 7.6)
GAMESS Gamess 移植指南(CentOS 7.6)

其他

软件 版本 源码包 文档
Hadoop 3.1.2 hadoop-3.1.2.tar.gz Hadoop 3.1.2 + Spark 2.4.4 移植指南(CentOS 7.6)
SGE 8.1.9 sge-8.1.9.tar.gz SGE 8.1.9 移植指南(CentOS 7.6)
Conda 4.3.16 通过pip命令下载 Conda 4.3.16 移植指南(CentOS 7.6)
MiniFE 2.1.0 miniFE-2.1.0.zip MiniFE 2.1.0 移植指南(Centos 7.6)
NPB 3.4 NPB3.4.tar.gz NPB 3.4 移植指南(Centos 7.6)
MiniDFT 1.1.1 MiniDFT-MiniDFT-1.1.1.tar.gz MiniDFT 1.1.1 移植指南(CentOS 7.6)
miniGhost v1.0 miniGhost-master.zip miniGhost v1.0 移植指南(Centos 7.6)
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书