应用迁移向导
01 基础环境搭建
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。
基础环境搭建指导
软件 GNU
软件 GMP
软件 MPC
软件 MPFR
软件 OpenMPI
软件 IB驱动
软件安装指导
软件 GNU
软件 HTCondor
软件 Lustre
软件 OpenHPC
软件 OpenMPI
软件 Slurm
02 移植
HPC解决方案行业应用软件所需源码包和移植指导如下所示。
基因测序
软件 Canu
软件 BWA
软件 CNVnator
软件 Cufflinks
软件 QUANTUM ESPRESSO
软件 BLAST
软件 HISAT2
软件 GATK
软件 STAR
软件 Tophat2
软件 Bowtie
软件 FastQC
软件 Beagle
软件 Bowtie
软件 pblat
软件 SnpEff
软件 Velvet
软件 XHMM
软件 pysam
软件 Abyss
软件 Chaste
软件 COPASI
软件 FASTA
软件 gamp
软件 VarScan
软件 Minimap2
软件 bedtools
软件 BEAST2
软件 bcftools
软件 Picard
软件 SOAPdenovo
气象
软件 WRF
软件 CAMx
软件 Bifrost
软件 CESM
软件 WAVEWATCH III
软件 NEMO
软件 ROMS
软件 FVCOM
软件 MITGCM
软件 POM
软件 MOM
软件 SMOKE
软件 Specfem3d_globe
软件 CMAQ
软件 SWAN
制造
软件 OpenFOAM
软件 SU2
软件 PALABOS
软件 Deal.II
软件 AMG
软件 Code Saturne
软件 FDS
软件 Elmer
教育科研
软件 Lammps
软件 VASP
软件 NAMD
软件 Gromacs
软件 ABINIT
软件 AmberTools
软件 CP2K
软件 NWChem
软件 ROOT
软件 CP2K
软件 Geant4
软件 Ont-tombo
软件 DL_POLY
软件 GAMESS
其他
软件 Hadoop
软件 SGE
软件 Conda
软件 MiniFE
软件 NPB
软件 MiniDFT
软件 miniGhost
03 调优
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书
应用迁移向导
-
基础环境搭建
-
移植
-
调优
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。
基础环境搭建指导
软件 | 版本号 | 源码包 |
---|---|---|
GNU | 9.1.0 | gcc-9.1.0.tar.xz |
GMP | 6.1.0 | gmp-6.1.0.tar.bz2 |
MPC | 1.0.3 | mpc-1.0.3.tar.gz |
MPFR | 3.1.4 | mpfr-3.1.4.tar.bz2 |
OpenMPI | 4.0.1 | openmpi-4.0.1.tar.gz |
IB驱动 | 4.6-1.0.1.1 | MLNX_OFED_LINUX-4.6-1.0.1.1-rhel7.6alternate-aarch64.tgz |
软件安装指导
软件 | 版本号 | 源码包 | 文档 |
---|---|---|---|
GNU | 9.1.0 | gcc-9.1.0.tar.xz | GNU 9.1 安装指南 |
HTCondor | 8.9.2 | htcondor-8_9_2.tar.gz | HTCondor 8.9.2 安装指南 |
Lustre | 2.12.2 | lustre-2.12.2.tar.gz | Lustre 2.12.2 安装指南 |
OpenHPC | 1.3.8 | OpenHPC-1.3.8.CentOS_7.aarch64.tar | OpenHPC 1.3.8 安装指南 |
OpenMPI | 4.0.1 | openmpi-4.0.1.tar.gz | OpenMPI 4.0.1 安装指南 |
Slurm | 18.08.7 | slurm-18.08.7.tar.bz2 | Slurm 18.08.7 安装指南 |
HPC解决方案行业应用软件移植所需源码包和移植指导如下所示。
基因测序
气象
软件 | 版本 | 源码包 | 文档 |
---|---|---|---|
CESM | 2.1.1 | cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz | CESM 2.1.1 移植指南(CentOS 7.6) |
Bifrost | v1.1.1 | Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz | Bifrost V1.1.1 移植指南(CentOS 7.6) |
WRF | 3.8.1 | WRF-3.8.1.tar.gz | WRF 3.8.1 移植指南(CentOS 7.6) |
CAMx | 6.50 | CAMx_v6-50-src-180430.tgz | CAMx 6.50 移植指南(CentOS 7.6) |
WAVEWATCH III | 6.07.1 | WW3-6.07.1.tar.gz | WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南(CentOS 7.6) |
NEMO | v3.6 | NEMO_releases_release-3.6-10083.zip | NEMO V3.6 移植指南(CentOS 7.6) |
ROMS | 3.6 | ROMS_3.6 | ROMS 3.6 移植指南(CentOS 7.6) |
FVCOM | 4.1 | FVCOM-4.1.tar.gz | FVCOM 4.1 移植指南(Centos 7.6) |
MITGCM | c67o | MITgcm_c67o.tar.gz | MITGCM c67o 移植指南(Centos 7.6) |
POM | POM2K | POM2K | POM 移植指南(Centos 7.6) |
MOM | 6 | 通过git命令下载 | MOM 6 移植指南(CentOS 7.6) |
SMOKE | 4.7 | smoke_v47.Linux2_x86_64ifort.tar.gz、smoke_v47.nctox.data.tar.gz、smoke_install_v47.csh | SMOKE 4.7 移植指南(CentOS 7.6) |
SPECFEM3D GLOBE | 7.0.0 | v7.0.0.tar.gz | SPECFEM3D GLOBE 7.0.0 移植指南(CentOS 7.6) |
CMAQ | 5.3.1 | CMAQ-CMAQv5.3.1_19Dec2019.tar.gz | CMAQ 5.3.1移植指南(CentOS 7.6) |
SWAN | 41.31 | swan4131.tar.gz | SWAN 41.31 移植指南(CentOS 7.6) |
制造
软件 | 版本 | 源码包 | 文档 |
---|---|---|---|
OpenFOAM | v1906 | OpenFOAM-v1906.tgz | OpenFOAM 1906 移植指南(CentOS 7.6) |
SU2 | 6.0.1 | SU2-6.0.1.tar.gz | SU2 6.0.1 移植指南(CentOS 7.6) |
PALABOS | v2.1r0 | palabos-v2.1r0.zip | PALABOS 2.1r0 移植指南(Centos 7.6) |
deal.II | 9.1.1 | dealii-9.1.1.tar.gz | deal.II 9.1.1 移植指南(CentOS 7.6) |
AMG | 1.2 | AMG-1.2.zip | AMG 1.2 移植指南(CentOS 7.6) |
Code Saturne | 6.0.2 | V6.0.2.tar.gz | Code Saturne 6.0.2 移植指南(CentOS 7.6) |
FDS | 6.7.4 | fds-FDS6.7.4.tar.gz | FDS 6.7.4 移植指南(CentOS 7.6) |
Elmer | 8.4 | elmerfem-scc20.tar.gz | Elmer 8.4 移植指南(CentOS 7.6) |
教育科研
软件 | 版本 | 源码包 | 文档 |
---|---|---|---|
Lammps | 5 June 2019 | lammps-5Jun19.tar.gz | Lammps 5 June 2019 移植指南(CentOS 7.6) |
VASP | 5.4.4 | vasp.5.4.4.tar.gz | VASP 5.4.4 移植指南(CentOS 7.6) |
NAMD | 2.13 | NAMD_2.13_Source.tar.gz | NAMD 2.13 移植指南(CentOS 7.6) |
GROMACS | 2019.3 | gromacs-2019.3.tar.gz | GROMACS 2019.3 移植指南(CentOS 7.6) |
ABINIT | 8.10.3 | abinit-8.10.3.tar.gz | ABINIT 8.10.3 移植指南(CentOS 7.6) |
AmberTools | 19 | AmberTools19.tar.bz2 | AmberTools 19 移植指南(CentOS 7.6) |
CP2K | 4.1 | cp2k-4.1.tar.bz2 | CP2K 4.1 移植指南(CentOS 7.6) |
CP2K | 7.1 | cp2k-7.1.tar.gz | CP2K 7.1 移植指南(CentOS 7.6) |
NWChem | 6.8.1 | NWChem-6.8.1-release.tar.gz | NWChem 6.8.1 移植指南(CentOS 7.6) |
ROOT | 6.2 | root_v6.20.00.source.tar.gz | ROOT 6.20 移植指南(Centos 7.6) |
Geant4 | 10.6 | geant4.10.06.p01.tar.gz | Geant4 10.6 移植指南(CentOS 7.6) |
Ont-tombo | 1.5.1 | 通过pip命令下载 | Ont-tombo 1.5.1 移植指南(CentOS 7.6) |
DL_POLY | 1.10 | dl_poly-RELEASE-1-10.tar.gz | DL_POLY 1.10 移植指南(CentOS 7.6) |
GAMESS | 无 | 无 | Gamess 移植指南(CentOS 7.6) |
其他
软件 | 版本 | 源码包 | 文档 |
---|---|---|---|
Hadoop | 3.1.2 | hadoop-3.1.2.tar.gz | Hadoop 3.1.2 + Spark 2.4.4 移植指南(CentOS 7.6) |
SGE | 8.1.9 | sge-8.1.9.tar.gz | SGE 8.1.9 移植指南(CentOS 7.6) |
Conda | 4.3.16 | 通过pip命令下载 | Conda 4.3.16 移植指南(CentOS 7.6) |
MiniFE | 2.1.0 | miniFE-2.1.0.zip | MiniFE 2.1.0 移植指南(Centos 7.6) |
NPB | 3.4 | NPB3.4.tar.gz | NPB 3.4 移植指南(Centos 7.6) |
MiniDFT | 1.1.1 | MiniDFT-MiniDFT-1.1.1.tar.gz | MiniDFT 1.1.1 移植指南(CentOS 7.6) |
miniGhost | v1.0 | miniGhost-master.zip | miniGhost v1.0 移植指南(Centos 7.6) |
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书