鲲鹏HPC解决方案

高性能计算通过将大量服务器、存储设备通过高性能网络互联，构建大规模计算集群，各个计算节点相互协同，并行处理多个子任务。通过并行计算的方式帮助解决普通计算机和服务器难以完成或无法快速完成的大型模型计算、复杂课题研究

解决方案架构

架构简介

HPC解决方案总体架构由：基础设施、硬件平台、中间件、行业应用层组成。

行业应用

当前可以支持并应用的行业，包含制造、生命科学、气象、教育科研、EDA、超算中心等

系统部署

需要提前做好软件生态环境的准备，包括CentOS、集群搭建、作业调度、MPI通信（OpenMPI/Hyper MPI）、编译器安装（鲲鹏GCC）

硬件平台

提供多样化的计算资源、高性能存储及主流高速网络

基础设施

包括鲲鹏服务器，数据中心能源解决方案、机柜及液冷解决方案

了解详情

解决方案优势

  • 高性能

    基于鲲鹏计算平台，鲲鹏920处理器，最高64核，8内存通道，适合访存密集型及整型计算为主应用，华为智能网卡、SSD、Atlas加速卡，加速高性能计算应用，提升客户应用性能表现

  • 高能效

    板级液冷，内存间走水，扰流强化换热，全液冷机柜散热，PUE低至1.05，降低客户管理运维成本

  • 安全可靠

    自研芯片、操作系统、MPI、编译器、数学库等，掌握关键核心技术，提供产品可持续供应能力 ，遵从商业环境要求，信息安全主动防护，保障客户放心部署应用

  • 开放生态

    开放合作，与ISV、合作伙伴、开发者、产业联盟共建全栈生态，兼容主流企业应用软件，支持丰富应用快速平滑移植，降低客户迁移成本

Document
应用迁移向导
01 基础环境搭建
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。
基础环境搭建指导
软件 GNU
版本号9.1.0
源码包 gcc-9.1.0.tar.xz
文档 HPC解决方案 基础环境搭建指导书
软件 GMP
版本号6.1.0
源码包 gmp-6.1.0.tar.bz2
文档
软件 MPC
版本号1.0.3
源码包 mpc-1.0.3.tar.gz
文档
软件 MPFR
版本号3.1.4
源码包 mpfr-3.1.4.tar.bz2
文档
软件 OpenMPI
版本号4.0.1
源码包 openmpi-4.0.1.tar.gz
文档
软件 IB驱动
版本号4.6-1.0.1.1
源码包 MLNX_OFED_LINUX-4.6-1.0.1.1-rhel7.6alternate-aarch64.tgz
文档
软件安装指导
软件 GNU
版本号9.1.0
源码包 gcc-9.1.0.tar.xz
文档 GNU 9.1 安装指南
软件 HTCondor
版本号8.9.2
源码包 htcondor-8_9_2.tar.gz
文档 HTCondor 8.9.2 安装指南
软件 Lustre
版本号2.12.2
源码包 lustre-2.12.2.tar.gz
文档 Lustre 2.12.2 安装指南
软件 OpenHPC
版本号1.3.8
源码包 OpenHPC-1.3.8.CentOS_7.aarch64.tar
文档 OpenHPC 1.3.8 安装指南
软件 OpenMPI
版本号4.0.1
源码包 openmpi-4.0.1.tar.gz
文档 OpenMPI 4.0.1 安装指南
软件 Slurm
版本号18.08.7
源码包 slurm-18.08.7.tar.bz2
文档 Slurm 18.08.7 安装指南
02 移植
HPC解决方案行业应用软件所需源码包和移植指导如下所示。
基因测序
软件 BWA
版本号 0.7.17
源码包 bwa-0.7.17.tar.bz2
文档 BWA 0.7.17 移植指南（CentOS 7.6）
软件 CNVnator
版本号 v0.4.1
源码包 CNVnator_v0.4.1.zip
文档 CNVnator v0.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Cufflinks
版本号 2.2.1
源码包 cufflinks-2.2.1.tar.gz
文档 Cufflinks 2.2.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 QUANTUM ESPRESSO
版本号 6.4.1
源码包 q-e-qe-6.4.1.tar.gz
文档 QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 BLAST
版本号 2.9.0
源码包 ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz
文档 BLAST 2.9.0 移植指南（CentOS 7.6）
软件 HISAT2
版本号 2.1.0
源码包 hisat2-2.1.0.tar.gz
文档 HISAT2 2.1.0 移植指南（CentOS 7.6）
软件 GATK
版本号 4.0.0.0
源码包 gatk-4.0.0.0.zip
文档 GATK 4.0.0.0 移植指南（CentOS 7.6）
软件 STAR
版本号 2.7.1a
源码包 STAR-2.7.1a.tar.gz
文档 STAR 2.7.1a 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Tophat2
版本号 2.1.1
源码包 tophat-2.1.1.tar.gz
文档 Tophat2 移植指南（CentOS 7.6）
软件 CANU
版本号 v1.8
源码包 canu-1.8.tar.gz
文档 CANU 1.8 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Bowtie2
版本号 2.3.5.1
源码包 bowtie2-2.4.1-source.zip
文档 Bowtie2 2.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 FastQC
版本号 v0.11.9
源码包 fastqc_v0.11.9.zip
文档 FastQC 0.11.9 移植指南（Centos 7.6）
软件 Ont-tombo
版本号 1.5.1
源码包 通过pip命令下载
文档 Ont-tombo 1.5.1 移植指南（CentOS 7.6）
气象
软件 WRF
版本号 3.8.1
源码包 WRF-3.8.1.tar.gz
文档 WRF 3.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 CAMx
版本号 6.50
源码包 CAMx_v6-50-src-180430.tgz
文档 CAMx 6.50 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Bifrost
版本号 v1.1.1
源码包 Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz
文档 Bifrost V1.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 CESM
版本号 2.1.1
源码包 cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz
文档 CESM 2.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 WAVEWATCH III
版本号 6.07.1
源码包 WW3-6.07.1.tar.gz
文档 WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 NEMO
版本号 v3.6
源码包 NEMO_releases_release-3.6-10083.zip
文档 NEMO V3.6 移植指南（CentOS 7.6）
软件 ROMS
版本号 3.6
源码包 ROMS_3.6
文档 ROMS 3.6 移植指南（CentOS 7.6）
软件 FVCOM
版本号 4.1
源码包 FVCOM-4.1.tar.gz
文档 FVCOM 4.1 移植指南（Centos 7.6）
软件 MITGCM
版本号 c67o
源码包 MITgcm_c67o.tar.gz
文档 MITGCM c67o 移植指南（Centos 7.6）
软件 POM
版本号 POM2K
源码包 POM2K
文档 POM 移植指南（Centos 7.6）
软件 MOM
版本号 6
源码包 通过git命令下载
文档 MOM 6 移植指南（CentOS 7.6）
软件 SMOKE
版本号 4.7
源码包 smoke_v47.Linux2_x86_64ifort.tar.gz、smoke_v47.nctox.data.tar.gz、smoke_install_v47.csh
文档 SMOKE 4.7 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Specfem3d_globe
版本号 7.0.0
源码包 v7.0.0.tar.gz
文档 Specfem3d_globle 7.0.0 移植指南（Centos 7.6）
制造
软件 OpenFOAM
版本号 v1906
源码包 OpenFOAM-v1906.tgz
文档 OpenFOAM 1906 移植指南（CentOS 7.6）
软件 SU2
版本号 6.0.1
源码包 SU2-6.0.1.tar.gz
文档 SU2 6.0.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 PALABOS
版本号 v2.1r0
源码包 palabos-v2.1r0.zip
文档 PALABOS 2.1r0 移植指南（Centos 7.6）
软件 Deal.II
版本号 9.1.1
源码包 dealii-9.1.1.tar.gz
文档 Deal.II 9.1.1 移植指南（Centos 7.6）
教育科研
软件 Lammps
版本号 5 June 2019
源码包 lammps-5Jun19.tar.gz
文档 Lammps 5 June 2019 移植指南（CentOS 7.6）
软件 VASP
版本号 5.4.4
源码包 vasp.5.4.4.tar.gz
文档 VASP 5.4.4 移植指南（CentOS 7.6）
软件 NAMD
版本号 2.13
源码包 NAMD_2.13_Source.tar.gz
文档 NAMD 2.13 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Gromacs
版本号 2019.3
源码包 gromacs-2019.3.tar.gz
文档 Gromacs 2019.3 移植指南（CentOS 7.6）
软件 ABINIT
版本号 8.10.3
源码包 abinit-8.10.3.tar.gz
文档 ABINIT 8.10.3 移植指南（CentOS 7.6）
软件 AmberTools
版本号 19
源码包 AmberTools19.tar.bz2
文档 AmberTools 19 移植指南（CentOS 7.6）
软件 CP2K
版本号 4.1
源码包 cp2k-4.1.tar.bz2
文档 CP2K 4.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 NWChem
版本号 6.8.1
源码包 NWChem-6.8.1-release.tar.gz
文档 NWChem 6.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
软件 ROOT
版本号 6.2
源码包 root_v6.20.00.source.tar.gz
文档 ROOT 6.20 移植指南（Centos 7.6）
其他
软件 Hadoop
版本号3.1.2
源码包 hadoop-3.1.2.tar.gz
文档 Hadoop 3.1.2 + Spark 2.4.4 移植指南（CentOS 7.6）
软件 SGE
版本号 8.1.9
源码包 sge-8.1.9.tar.gz
文档 SGE 8.1.9 移植指南（CentOS 7.6）
软件 Conda
版本号 4.3.16
源码包 通过pip命令下载
文档 Conda 4.3.16 移植指南（CentOS 7.6）
软件 MiniFE
版本号 2.1.0
源码包 miniFE-2.1.0.zip
文档 MiniFE 2.1.0 移植指南（Centos 7.6）
软件 NPB
版本号 3.4
源码包 NPB3.4.tar.gz
文档 NPB 3.4 移植指南（Centos 7.6）
03 调优
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书
应用迁移向导
  • 基础环境搭建
  • 移植
  • 调优
HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前需要先准备基础环境。

基础环境搭建指导

软件 版本号 源码包
GNU 9.1.0 gcc-9.1.0.tar.xz
GMP 6.1.0 gmp-6.1.0.tar.bz2
MPC 1.0.3 mpc-1.0.3.tar.gz
MPFR 3.1.4 mpfr-3.1.4.tar.bz2
OpenMPI 4.0.1 openmpi-4.0.1.tar.gz
IB驱动 4.6-1.0.1.1 MLNX_OFED_LINUX-4.6-1.0.1.1-rhel7.6alternate-aarch64.tgz

软件安装指导

软件 版本号 源码包 文档
GNU 9.1.0 gcc-9.1.0.tar.xz GNU 9.1 安装指南
HTCondor 8.9.2 htcondor-8_9_2.tar.gz HTCondor 8.9.2 安装指南
Lustre 2.12.2 lustre-2.12.2.tar.gz Lustre 2.12.2 安装指南
OpenHPC 1.3.8 OpenHPC-1.3.8.CentOS_7.aarch64.tar OpenHPC 1.3.8 安装指南
OpenMPI 4.0.1 openmpi-4.0.1.tar.gz OpenMPI 4.0.1 安装指南
Slurm 18.08.7 slurm-18.08.7.tar.bz2 Slurm 18.08.7 安装指南
HPC解决方案行业应用软件移植所需源码包和移植指导如下所示。

基因测序

软件 版本 源码包 文档
Canu v1.8 canu-1.8.tar.gz CANU 1.8 移植指南（CentOS 7.6
BWA 0.7.17 bwa-0.7.17.tar.bz2 BWA 0.7.17 移植指南（CentOS 7.6）
CNVnator v0.4.1 CNVnator_v0.4.1.zip CNVnator v0.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
Cufflinks 2.2.1 cufflinks-2.2.1.tar.gz Cufflinks 2.2.1 移植指南（CentOS 7.6）
QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 q-e-qe-6.4.1.tar.gz QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
BLAST 2.9.0 ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz BLAST 2.9.0 移植指南（CentOS 7.6）
HISAT2 2.1.0 hisat2-2.1.0.tar.gz HISAT2 2.1.0 移植指南（CentOS 7.6）
GATK 4.0.0.0 gatk-4.0.0.0.zip GATK 4.0.0.0 移植指南（CentOS 7.6）
STAR 2.7.1a STAR-2.7.1a.tar.gz STAR 2.7.1a 移植指南（CentOS 7.6）
Tophat2 2.1.1 tophat-2.1.1.tar.gz Tophat2 移植指南（CentOS 7.6）
Bowtie 2.3.5.1 bowtie2-2.4.1-source.zip Bowtie2 2.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
FastQC v0.11.9 fastqc_v0.11.9.zip FastQC 0.11.9 移植指南（Centos 7.6）
Ont-tombo 1.5.1 通过pip命令下载 Ont-tombo 1.5.1 移植指南（CentOS 7.6）

气象

软件 版本 源码包 文档
CESM 2.1.1 cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz CESM 2.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
Bifrost v1.1.1 Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz Bifrost V1.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
WRF 3.8.1 WRF-3.8.1.tar.gz WRF 3.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
CAMx 6.50 CAMx_v6-50-src-180430.tgz CAMx 6.50 移植指南（CentOS 7.6）
WAVEWATCH III 6.07.1 WW3-6.07.1.tar.gz WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南（CentOS 7.6）
NEMO v3.6 NEMO_releases_release-3.6-10083.zip NEMO V3.6 移植指南（CentOS 7.6）
ROMS 3.6 ROMS_3.6 ROMS 3.6 移植指南（CentOS 7.6）
FVCOM 4.1 FVCOM-4.1.tar.gz FVCOM 4.1 移植指南（Centos 7.6）
MITGCM c67o MITgcm_c67o.tar.gz MITGCM c67o 移植指南（Centos 7.6）
POM POM2K POM2K POM 移植指南（Centos 7.6）
MOM 6 通过git命令下载 MOM 6 移植指南（CentOS 7.6）
SMOKE 4.7 smoke_v47.Linux2_x86_64ifort.tar.gz、smoke_v47.nctox.data.tar.gz、smoke_install_v47.csh SMOKE 4.7 移植指南（CentOS 7.6）
Specfem3d_globe 7.0.0 v7.0.0.tar.gz Specfem3d_globle 7.0.0 移植指南（Centos 7.6）

制造

软件 版本 源码包 文档
OpenFOAM v1906 OpenFOAM-v1906.tgz OpenFOAM 1906 移植指南（CentOS 7.6）
SU2 6.0.1 SU2-6.0.1.tar.gz SU2 6.0.1 移植指南（CentOS 7.6）
PALABOS v2.1r0 palabos-v2.1r0.zip PALABOS 2.1r0 移植指南（Centos 7.6）
Deal.II 9.1.1 dealii-9.1.1.tar.gz Deal.II 9.1.1 移植指南（Centos 7.6）

教育科研

软件 版本 源码包 文档
Lammps 5 June 2019 lammps-5Jun19.tar.gz Lammps 5 June 2019 移植指南（CentOS 7.6）
VASP 5.4.4 vasp.5.4.4.tar.gz VASP 5.4.4 移植指南（CentOS 7.6）
NAMD 2.13 NAMD_2.13_Source.tar.gz NAMD 2.13 移植指南（CentOS 7.6）
Gromacs 2019.3 gromacs-2019.3.tar.gz Gromacs 2019.3 移植指南（CentOS 7.6）
ABINIT 8.10.3 abinit-8.10.3.tar.gz ABINIT 8.10.3 移植指南（CentOS 7.6）
AmberTools 19 AmberTools19.tar.bz2 AmberTools 19 移植指南（CentOS 7.6）
CP2K 4.1 cp2k-4.1.tar.bz2 CP2K 4.1 移植指南（CentOS 7.6）
NWChem 6.8.1 NWChem-6.8.1-release.tar.gz NWChem 6.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
ROOT 6.2 root_v6.20.00.source.tar.gz ROOT 6.20 移植指南（Centos 7.6）

其他

软件 版本 源码包 文档
Hadoop 3.1.2 hadoop-3.1.2.tar.gz Hadoop 3.1.2 + Spark 2.4.4 移植指南（CentOS 7.6）
SGE 8.1.9 sge-8.1.9.tar.gz SGE 8.1.9 移植指南（CentOS 7.6）
Conda 8.1.9 通过pip命令下载 Conda 4.3.16 移植指南（CentOS 7.6）
MiniFE 2.1.0 miniFE-2.1.0.zip MiniFE 2.1.0 移植指南（Centos 7.6）
NPB 3.4 NPB3.4.tar.gz NPB 3.4 移植指南（Centos 7.6）
HPC解决方案行业应用软件移植到鲲鹏计算平台后可以通过从硬件基线化、系统基线化、IO、基础软件、应用软件等维度进行调优。
调优参考文档
HPC解决方案调优指导书

帮助文档

帮助文档

开发者资源

鲲鹏论坛（HPC解决方案）

提供HPC解决方案移植调优技术讨论、优秀实践

鲲鹏小智

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