华为云计算 云知识 Minimap2(CentOS7.6 鲲鹏)-产品介绍

Minimap2(CentOS7.6 鲲鹏)-产品介绍

Minimap2(CentOS7.6 鲲鹏)
适用于:Linux
商品简介:提供Minimap2基于鲲鹏云服务器预装环境,可在鲲鹏云服务器上一键安装
商品亮点:鲲鹏兼容:在鲲鹏云服务器正常运行,保持原生:基于社区开源组件的官方源码编译安装,版本自由:采用稳定的Minimap2版本
Minimap2(CentOS7.6 鲲鹏)
商品说明
版本: V1.0 交付方式: 镜像
适用于: Linux 上架日期: 2020-04-23 12:30:08.0
Minimap2是一种​​多功能序列比对程序,可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库对齐。 Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具,它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上。 Minimap2是一种​​快速的序列作图和比对程序,可以发现长噪声读数之间的重叠,或将长读数或其装配映射到参考基因组,并进行详细比对(例如CIGAR)。目前,它可以有效处理长度从几千个碱基到约100兆碱基的查询序列,错误率约为15%。Minimap2以PAF或SAM格式输出。在有限的测试数据集上,minimap2的速度比大多数其他长读取定位器快20倍以上。它将代替BWA-MEM进行长时间读取和重叠群对齐。 Minimap2是minimap的后继者。它采用了类似的基于极小的索引和播种算法,并改善了与homopolyer压缩的k聚体的原始小地图(见SMARTdenovo和longISLND),更好地链接并能够快速扩展对准农产品CIGAR(见libgaba和ksw2)和分段仿射差距成本。 minimap2的主要思想是:首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子);然后对于每一条待比对序列, 找到待比对序列所有的minimizer,通过哈希表找出其在基因组中的位置, 并利用chaining算法寻找待比对区域;最后将非种子区域用动态规划算法进行比对,得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希值的种子进行存储,可有效降低时间复杂度。
查看详情

云市场免费试用中心

50+款产品限时免费试用
免费体验
Minimap2(CentOS7.6 鲲鹏)

意见反馈

0/200

提交 取消

反馈提交失败!请稍后重试!
云服务器0元领取 | 免费试用云产品
相关推荐