基因容器 GCS-基于CCE的GATK4最佳实践流程:创建Environment

时间:2025-06-19 10:33:41

创建Environment

假设区域选择为华北北京四区,则前提条件中的信息为如下值(实际操作中您需要根据实际情况替换):

  • IAM 的Endpoint为:iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com
  • G CS 的Endpoint为:gcs.cn-north-4.myhuaweicloud.com
  • 域名 称:"cn-north-4"
  • 秘钥对名称:"KeyPair-3587"
  • 项目ID:10556c21********8bf10512591189e
  • OBS桶:gene-container-bucket
  • 集群ID:d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709
  1. 调用其他接口前,需要参见3.1-构造请求中的调用方式获取token,并设置成环境变量。

    1. 获取token。

      其中加粗的蓝色字体部分,需要替换为真实的数据。

      • iam_endpoint:IAM的Endpoint,以cn-north-4的Endpoint为例则应该为iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com。
      • username:华为云的用户账号,必填项。
      • password:华为云的用户密码,必填项。
      • domainname:若是子账号,请填写对应的主账号名称。若不是子账号,请与username保持一致,必填项。
      • cn-north-4:此处以中国华北区4为例,必填项。
        curl -H "Content-Type:application/json" https://{iam_endpoint}/v3/auth/tokens -X POST -d '{"auth": {"identity":{"methods":["password"],"password":{"user":{"name":"username","password":"password","domain":{"name":"domainname"}}}},"scope":{"project":{"name":"cn-north-4"}}}}' -v -k

      响应Header中“X-Subject-Token”的值即为Token:

      X-Subject-Token:
      MIIDkgYJKoZIhvcNAQcCoIIDgzCCA38CAQExDTALBglghkgBZQMEAgEwgXXXXX...
    2. 使用如下命令将token设置为环境变量,方便后续使用。

      export Token={X-Subject-Token}

      X-Subject-Token即为上一步骤获取到的token,如下所示。

      export Token=MIIDkgYJKoZIhvcNAQcCoIIDgzCCA38CAQExDTALBglghkgBZQMEAgEwgXXXXX...
    3. 将API的入口地址设置为环境变量,方便后续事使用,入口地址为“https://GCS_ENDPOINT”。
      export GCS_Endpoint="https://gcs.cn-north-4.myhuaweicloud.com"

  2. 创建环境。

    调用5.1.1-部署Environment接口,利用前提条件中已创建的集群创建GCS环境。
    curl -i -k -X POST -H "X-Auth-Token: $Token" ${GCS_ENDPOINT}/v1/environments -d '{"source":"cce","project_id":"10556c21********8bf10512591189e","cluster_id":"d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709","bucket_name":"gene-container-bucket","env_name":"gcs-env-cce-new"}'

    命令中主要参数说明如下:

    • project_id: 前提条件中获取到的项目ID
    • source: 创建环境的来源 cce表示,创建cce环境
    • bucket_name: 前提条件中已创建的OBS桶名称
    • cluster_id:前提条件中已创建的集群ID
    • env_name:要创建的环境的名称

    创建成功的时候会返回环境的ID,为了后续操作,需要记录下环境的ID。

    {  
        "id": "6e03f731-9c31-569a-4121-6a10b6996458"
    }

  3. 将环境ID设置为环境变量。

    export ENVIRONMENT_ID=6e03f731-9c31-569a-4121-6a10b6996458

  4. 查看环境。

    调用5.1.4-查询Environment接口,查询GCS环境。

    curl -i -k -X GET -H "X-Auth-Token: $Token" ${GCS_ENDPOINT}/v1/environments/${ENVIRONMENT_ID}

    查询成功的时候会返回环境的详情。

    {
    	"guid": "bcdd92fd-0380-e114-5dbe-38dac77857e9",
    	"project_id": "10556c21********8bf10512591189e",
    	"domain_id": "b0148a2cb********477bab429e48e7",
    	"name": "gcs-env-cce-new",
    	"description": "Gene container environment form cce",
    	"status": "Running",
    	"create_at": "2018-08-13T03:50:30Z",
    	"update_at": "2018-08-13T07:27:02Z",
    	"cluster_id": "d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709",
    	"cluster_name": "gcs-cluster",
    	"cpu": 8,
    	"memory": 16,
    	"source": "cce",
    	"stack_id": "10185add-acde-cc18-b8dd-b3a87a1f484c"
    	"is_gene_cluster": false,
    	"bucket_name": "gene-container-bucket",
    	"default_env": false,
    	"order_id": ""
    }

  5. 将集群的ID设置为环境变量。

    export CLUSTER_ID=d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709

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