基因容器 GCS-基于CCE的GATK4最佳实践流程:创建Environment
创建Environment
假设区域选择为华北北京四区,则前提条件中的信息为如下值(实际操作中您需要根据实际情况替换):
- IAM 的Endpoint为:iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com
- G CS 的Endpoint为:gcs.cn-north-4.myhuaweicloud.com
- 区 域名 称:"cn-north-4"
- 秘钥对名称:"KeyPair-3587"
- 项目ID:10556c21********8bf10512591189e
- OBS桶:gene-container-bucket
- 集群ID:d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709
- 调用其他接口前,需要参见3.1-构造请求中的调用方式获取token,并设置成环境变量。
- 获取token。
- iam_endpoint:IAM的Endpoint,以cn-north-4的Endpoint为例则应该为iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com。
- username:华为云的用户账号,必填项。
- password:华为云的用户密码,必填项。
- domainname:若是子账号,请填写对应的主账号名称。若不是子账号,请与username保持一致,必填项。
- cn-north-4:此处以中国华北区4为例,必填项。
curl -H "Content-Type:application/json" https://{iam_endpoint}/v3/auth/tokens -X POST -d '{"auth": {"identity":{"methods":["password"],"password":{"user":{"name":"username","password":"password","domain":{"name":"domainname"}}}},"scope":{"project":{"name":"cn-north-4"}}}}' -v -k
响应Header中“X-Subject-Token”的值即为Token:
X-Subject-Token: MIIDkgYJKoZIhvcNAQcCoIIDgzCCA38CAQExDTALBglghkgBZQMEAgEwgXXXXX...
- 使用如下命令将token设置为环境变量,方便后续使用。
export Token={X-Subject-Token}
X-Subject-Token即为上一步骤获取到的token,如下所示。
export Token=MIIDkgYJKoZIhvcNAQcCoIIDgzCCA38CAQExDTALBglghkgBZQMEAgEwgXXXXX...
- 将API的入口地址设置为环境变量,方便后续事使用,入口地址为“https://GCS_ENDPOINT”。
export GCS_Endpoint="https://gcs.cn-north-4.myhuaweicloud.com"
- 获取token。
- 创建环境。
调用5.1.1-部署Environment接口,利用前提条件中已创建的集群创建GCS环境。
curl -i -k -X POST -H "X-Auth-Token: $Token" ${GCS_ENDPOINT}/v1/environments -d '{"source":"cce","project_id":"10556c21********8bf10512591189e","cluster_id":"d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709","bucket_name":"gene-container-bucket","env_name":"gcs-env-cce-new"}'
命令中主要参数说明如下:
- project_id: 前提条件中获取到的项目ID
- source: 创建环境的来源 cce表示,创建cce环境
- bucket_name: 前提条件中已创建的OBS桶名称
- cluster_id:前提条件中已创建的集群ID
- env_name:要创建的环境的名称
创建成功的时候会返回环境的ID,为了后续操作,需要记录下环境的ID。
{ "id": "6e03f731-9c31-569a-4121-6a10b6996458" }
- 将环境ID设置为环境变量。
export ENVIRONMENT_ID=6e03f731-9c31-569a-4121-6a10b6996458
- 查看环境。
调用5.1.4-查询Environment接口,查询GCS环境。
curl -i -k -X GET -H "X-Auth-Token: $Token" ${GCS_ENDPOINT}/v1/environments/${ENVIRONMENT_ID}
查询成功的时候会返回环境的详情。
{ "guid": "bcdd92fd-0380-e114-5dbe-38dac77857e9", "project_id": "10556c21********8bf10512591189e", "domain_id": "b0148a2cb********477bab429e48e7", "name": "gcs-env-cce-new", "description": "Gene container environment form cce", "status": "Running", "create_at": "2018-08-13T03:50:30Z", "update_at": "2018-08-13T07:27:02Z", "cluster_id": "d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709", "cluster_name": "gcs-cluster", "cpu": 8, "memory": 16, "source": "cce", "stack_id": "10185add-acde-cc18-b8dd-b3a87a1f484c" "is_gene_cluster": false, "bucket_name": "gene-container-bucket", "default_env": false, "order_id": "" }
- 将集群的ID设置为环境变量。
export CLUSTER_ID=d9d8912d-a6cb-11e8-bc20-0255ac105709