华为云计算 云知识 BCFtools是什么
BCFtools是什么

简介

BCFtools是一组实用程序,以Variant Call Format(VCF)及其二进制副本BCF处理变量调用。所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y

2.获取源码

获取“bcftools-1.9”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2

3.编译和安装

1)解压并进入源码目录。

tar-jxvf bcftools-1.9.tar.bz2

cd bcftools-1.9

2)配置生成Makefile。

./configure--prefix=/usr/local/bcftools

3)编译安装。

make-j4

make install

4)配置环境。

a.修改环境变量。

vim/etc/profile

在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码:

export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH

b.按“Esc”,输入“wq!”保存后退出。

c.运行下面命令,使修改的环境变量生效。

source/etc/profile

4.运行和验证

1)测试数据。

“test”目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。

cd/usr/local/src/bcftools-1.9

make test

当系统回显类似如下信息时,表示BCFtools测试成功。

Number of test:

total..823

passed..823

failed..0

2)查看版本。

查看BCFtools版本信息。

bcftools--version

当系统回显类似如下信息时,表示BCFtools安装成功。

bcftools 1.9

Using htslib 1.9

Copyright(c)2018 Genome Research Ltd.

License Expat:The MIT/Expat license

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There is NO WARRANTY,to the extent permitted by law.
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