华为云计算 云知识 BreakDancer是什么

BreakDancer是什么

简介

BreakDancer是一个C++软件包,可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序,BreakDancerMax预测五种类型的结构变异;BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc-y

2)安装gcc8.3。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

2.获取源码

获取“breakdancer”源码包。

cd/usr/local/src

git clone--recursive https://github.com/genome/breakdancer.git

3.编译和安装

1)创建build目录。

cd breakdancer

mkdir build&&cd build

2)创建Makefile文件。

cmake..-DCMAKE_BUILD_TYPE=release-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer

3)编译安装。

make-j4&&make install

4.运行和验证

查看可执行程序帮助信息。

/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max--help

当系统回显类似如下信息时,表示BreakDancer安装成功执行成功。

breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty(comit 4e44b43-dirty)

usage:breakdancer-max<analysis.config>

Options:

-o STRING operate on a single chromesome[all chromosome]

-s INT minimum length of a region[7]

......

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