什么是Delly

时间:2020/11/03 07:45:48

Delly是一种集成的结构变异(SV)预测方法,可以在短期读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现基因分型和可视化缺失、串联重复、倒位和易位等缺陷。它使用配对末端,拆分阅读和阅读深度来敏感而准确地描绘整个基因组的重排。

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install-y autoconf boost boost-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y

2)安装HTSlib。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2
tar-jxvf htslib-1.10.0.tar.bz2
cd htslib-1.10.2
./configure
make-j4
make install
ln-s/usr/local/lib/libhts.so.3/usr/lib/libhts.so.3
sudo ldconfig

2.获取源码

获取“delly-0.8.3”源码包。

cd/usr/local
wget https://github.com/dellytools/delly/archive/v0.8.3.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

tar-zxvf v0.8.3.tar.gz&&cd delly-0.8.3

2)编译Delly。

make all

3)设置软连接。

ln-s/usr/local/delly-0.8.3/src/delly/usr/bin/delly

4.运行和验证

查看Delly版本信息。

delly--version

出现类似如下回显,表示Delly安装成功。

Delly version:v0.8.3
using Boost:v1.53.0
using HTSlib:v1.10.2

上一篇: STAR-Fusion是什么

下一篇: Squid是什么

猜你喜欢