华为云计算 云知识 什么是GATK?

什么是GATK?

简介

GATK全称Genome Anlysis Toolkit,是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型,用于从sequencing数据中进行variant calling,包括SNP、INDEL。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install-y git git-lfs java-1.8.0-openjdk

2.获取源码

获取GATK最新版本源码。

cd/usr/local/src

git clone https://github.com/broadinstitute/gatk.git

3.编译和安装

1)进入GATK目录。

cd gatk

2)编译GATK。

./gradlew shadowJar

编译完成后会在“build/libs”目录里面生成“gatk.jar”文件。

4.运行和验证

测试GATK是否安装完成。

java-jar build/lib/gatk.jar--version

返回内容如下所示,表示安装已经完成。

[root ecs gatk]#java-jar build/lib/gatk.jar--version

The Genome Analysis Toolkit(GATK)v4.1.7.0-27-g3ad0eca-SNAPSHOT

HTSJDK Version:2.22.0

Picard Version:2.22.8
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