什么是GATK?
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简介
GATK全称Genome Anlysis Toolkit，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，用于从sequencing数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install-y git git-lfs java-1.8.0-openjdk
2.获取源码
获取GATK最新版本源码。
cd/usr/local/src
git clone https://github.com/broadinstitute/gatk.git
3.编译和安装
1）进入GATK目录。
cd gatk
2）编译GATK。
./gradlew shadowJar
编译完成后会在“build/libs”目录里面生成“gatk.jar”文件。
4.运行和验证
测试GATK是否安装完成。
java-jar build/lib/gatk.jar--version
返回内容如下所示，表示安装已经完成。
[root ecs gatk]#java-jar build/lib/gatk.jar--version
The Genome Analysis Toolkit(GATK)v4.1.7.0-27-g3ad0eca-SNAPSHOT
HTSJDK Version:2.22.0
Picard Version:2.22.8
