GMAP是什么

时间:2020/11/03 08:13:46

简介

mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。

配置流程

1.获取源码

获取“gmap-2015-09-21”源码包。

cd/usr/local/src
wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz

2.编译和安装

1)解压并进入源码包。

cd/usr/local/src/
tar-zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz&&gmap-2015-09-21/

2)配置生成Makefile。

./configure--prefix=/usr/local/GMAP--build=arm-linux

3)编译和安装。

make-j4&&make install

4)配置GMAP环境。

a.在文件“etc/profill”末尾添加如下内容。

export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin

b.按“Esc”,并且输入“wq!”保存退出。

c.输入如下命令,使环境变量生效。

3.运行和验证

查看GMAP版本信息。

gmap--version

回显类似如下信息,代表GMAP安装成功。

GMAP version 2015-09-21 called with args:gmap--version
GMAP Genomic Mapping and Aligment Program
Part of GMAP package,version 2015-09-21
Build target:arm-unknown-linux-gnu
Features:pthreads enabled,alloca available,zlib available,mmap available,littleendian,sigaction available,64 bits available
Popcnt:builtin_popcount
Builtin functions:bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount
...


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