Picard是什么

时间:2020/11/03 11:46:25

简介

一组Java命令行工具,用于处理高通量排序(HTS)数据和格式。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install-y git java-1.8.0-openjdk

2.获取源码

获取“picard-2.23.0”源码包。

cd/usr/local/src
git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git

3.编译和安装

1)进入Picard目录。

cd picard

2)编译Picard。

./gradlew shadowJar

编译完成后会在“build/libs”目录里面生成“picard.jar”文件。

4.运行和验证

执行以下命令行查看Picard所包含的所有工具以及对应的简介。

java-jar build/lib/picard.jar-h

执行完毕后会回显类似如下信息:

USAGE:PicardCommandLine<program name>[-h]
Available Programs:
-------------------------------------------------------------------
Base Calling:        Tools that process sequencing machine data,e.g.Illumina base calls,and detect...
 adapters
  CheckIlluminaDirectory    Asserts the validity for specified Illumina basecalling data.
   CollectIlluminaBasecallingMetrics    Collects Illumina Basecalling metrics for a sequencing run.
...


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