RSEM是什么

时间:2020-11-03 14:22:16

简介

RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。RSEM软件包提供了用户友好的界面,支持用于EM算法,单端和双端读取数据,质量得分,可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装Perl,版本要求不低于5.8.8。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/perl_01_0001.html安装。

2)安装R,版本要求不低于3.3.1。

yum install R-y

2.获取源码

获取“RSEM v1.3.1”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

tar-zxvf v1.3.1.tar.gz
cd RSEM-1.3.1

2)编译安装RESM。

make-j4&&make install prefix=/usr/local/rsem

3)设置环境变量。

将“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

vim/etc/profile
export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH
source/etc/profile

4.运行和验证

测试RSEM是否安装完成。

rsem-calculate-expression--version

返回内容如下所示,表示安装已经完成。

[root ecs~]#rsem-calculate-expression--version
Current version:RSEM v1.3.1


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