STAR-Fusion是什么

时间:2020/11/03 07:46:04

简介

STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS-y

2)安装STAR-2.7.0f。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html安装。

3)安装SAMtools。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/samtools_01_0001.html安装。

2.获取源码

获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

tar-zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz&&cd STAR-Fusion-v1.6.0

2)编译STAR-Fusion。

make-j12

4.运行和验证

1)下载测试所需的文件。

cd/opt
wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/_genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz
tar-zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

2)执行测试程序

cd/usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing
gzip-d reads_1.fq.gz
gzip-d reads_2.fq.gz
../STAR-Fusion--left_fq reads_1.fq--right_fq reads_2.fq--genome_lib_dir/opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir--CPU 12

执行完毕后会出现如下回显,并且在当前目录下生成一个“STAR-Fusion_outdir”目录,输出文件全部在该目录中。

*STAR-Fusion complete.See output:star-fusion.fusion_candidates.tsv(or.abridged.tsv version)

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