SeqTK是什么

时间:2020-11-03 17:15:48

简介

SeqTK是一种快速轻巧的工具,用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以无缝解析FASTQ和FASTA文件,也可以选择使用gzip对其进行压缩。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install-y zlib-devel

2.获取源码

获取“Seqtk-1.3”源码包。

cd/usr/local/
wget https://github.com/lh3/seqtk/archive/v1.3.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

tar-zxvf v1.3.tar.gz&&cd seqtk-1.3

2)编译SeqTk。

make-j4

3)创建软链接。

ln-s/usr/local/seqtk-1.3/seqtk/usr/bin/seqtk

4.运行和验证

查看SeqTK使用方法。

seqtk

回显如下信息表示SeqTK安装成功。

Usage:seqtk<command&gt><arguments>
Version:1.3-r106
Command:seq commom transformation of FASTA/Q
   comp    get the nucleotide composition of FASTA/Q
   sample  subsample sequence
...  ...

 

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