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SpeedSeq是什么

简介

SpeedSeq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架,发表在Nature Method上,封装了大量基因组分析的软件,比如比对软件BWA,calling SNP软件freebays,SV鉴定软件lumpy等。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install-y gcc gcc-c++make cmake python2 python2-numpy scipy gawk zlib zlib-devel bzip bzip2-devel xz-devel ncurses-devel

2)安装HTSlib。

a.获取“htslib-1.10.2”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

b.解压并进入源码目录。

tar-jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2
cd htslib-1.10.2

c.配置生成Makefile。

/configure

d.编译安装。

make-j4
make install

3)安装cython。

pip install cython

4)安装pysam。

pip install pysam

2.获取源码

获取“speedseq最新版”源码包。

cd/usr/local/src
git clone--recursive https://github.com/hall-lab/speedseq.git

3.编译和安装

1)进入SpeedSeq目录。

cd/usr/local/src/speedseq

2)下载“sse2neon.h”文件。

wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip
unzip master.zip
mv./sse2neon-master/SSE2NEON.h./sse2neon-master/sse2neon.h
cp./sse2neon-master/sse2neon.h./src/bwa

3)修改“ksw.c”程序中引用的头文件,注释掉“#include<emmintrin.h>”,增加“#include"sse2neon.h"”,修改完成后,保存退出。

vim./src/bwa/ksw.c
//#include<emmintrin.h>
#include"sse2neon.h"

4)编译SpeedSeq。

make-j4

5)生成的SpeedSeq工具加入环境变量。

a.编辑“/etc/profile”。

vim/etc/profile

在文件末尾加入如下内容:

export PATH="$PATH:/usr/local/src/speedseq/bin"

b.按“Esc”,输入“wq!”退出。

c.环境变量生效。

source/etc/profile

4.运行和验证

执行如下命令查看SpeedSeq版本。

speedseq

回显信息如下,则表示SpeedSeq安装成功。

Program:speedseq
Version:0.1.2
Author:Colby Chiang(cc2qe virginia.edu)
usage:speedseq<command>[options]
command:align align FASTQ files with BWA-MEM
var call SNV and indel variants with FreeBayes
somatic call somatic SNV and idel variants in a tumor/nomal pair with FreeBayes
sv call SVs with LUMPY
realign realign from a coordinate sorted BAM file
options:-h show this message

5.问题一:编译报“configure:error:cannot guess build type;you must specify one”等错误

1)问题描述:

执行make,报“configure:error:cannot guess build type;you must specify one”错误。

cd srm/mbuffer:.configure--prefix=/usr/local/src/speedseq
checking build system type..../configure.guess:unable to guess system type

2)问题原因:

可以看出,进入“src/mbuffer”,执行./configure--prefix=/usr/local/src/speedseq时,不能匹配到机器类型。

3)解决方法:

通过修改配置“config.sub”后,制定配置类型进行解决。

a.修改配置文件。

cd/usr/local/src/speedseq
vi./src/mbuffer/config.sub

查找“x86”内容的位置,在其位置后面增加“aarch64”类型。

在“case$basic_machine in”区域的两个位置修改。

Ⅰ.修改下述内容。

|x86|xscale|xscalee[bl]|xstormy16|xtensa

修改后:

|x86|aarch64|xscale|xscalee[bl]|xstormy16|xtensa

Ⅱ.修改下述内容

|x86-*|x86_64-*|xps100-*|xscale-*|xscalee[bl]-*

修改后:

|x86-*|aarch64-*|x86_64-*|xps100-*|xscale-*|xscalee[bl]-*

b.修改Makefile

vim Makefile

修改生成mbuffer部分的脚本,在./configure后面加参数--host=aarch64--build=aarch64,修改后内容如下:

mbuffer:
cd$(MBUFFER_DIR);./configure--prefix=$(shell pwd)--host=aarch64--build=aarch64

 

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