Strelka2是什么
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
简介
Strelka2是一种快速，准确的小变异体调用程序，已用于分析小型队列的种系变异和肿瘤/正常样本对的体细胞变异。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装相关依赖。
yum install-y wget tar bzip2 make libstdc++-static zlib-devel
2）安装gcc8.3。
请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。
3）安装boot1.69。
a.下载源码。
wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.69.0/source/boost_1_69_0.tar.gz
b.压缩并进入源码包。
tar-zxvf boost_1_69_0.tar.gz cd boost_1_69_0
c.编译并安装boost。
./bootstrap.sh&&./b2 install-j4
d.安装“boost.build”。
cd tools/build ./bootstrap.sh&&./b2 install--prefix=/usr/local/boost
2.获取源码
获取“Strelka2 v2.9.10”源码包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.10/strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2
3.编译和安装
1）解压并进入源码包。
tar-jxvf strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2 cd strelka-2.9.10.release_src
2）生成makefile文件。
mkdir build&&cd build ../configure--prefix=/usr/local/strelka2
3）编译安装Strellka2。
make-j4&&make install
4.运行和验证
1）执行测试用例。
cd/usr/local/src/strelka-2.9.10.release_src/src/demo bash/usr/local/strelka2/bin/runStrelkaGermlineWorkflowDemo.bash
执行完毕后会在当前文件夹生成“strelkaGermlineDemoAnalysis”目录，目录下有“runWorkflow.py”文件。
2）查看文件版本信息。
./strelkaGermlineDemoAnalysis/runWorkflow.py--version
出现如下回显，表示Strellka2安装成功。
2.9.10
