Subread如何安装

时间:2020/11/03 07:37:24

简介

一种通用的read对比软件,它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads,也可以用于发现基因组突变,包括短插入缺失和结构变异。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install-y zlib-devel

2.获取源码

获取“subread-2.0.1”源码包。

cd/usr/local/
wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download-O subread-2.0.1.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

tar-zxvf subread-2.0.1.tar.gz&&cd subread-2.0.1-source

2)修改Makefile文件。

分别修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件,将“CCFLAGS”设置的“-mtune=core2”删除。

vim src/Makefile.Linux
vim src/longread-one/Makefile

修改前:

CCFLAGS=-mtune=core2${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=64

修改后:

CCFLAGS=${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=64

3)编译Subread。

cd/usr/local/subread-2.0.1-source/src
make-j4-f Makefile.Linux

4)设置环境变量。

将“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

vim/etc/profile
export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH
source/etc/profile

4.运行和验证

1)查看Subread版本信息。

subread-align-v

回显如下信息则表示Subread安装成功。

Subread-align v2.0.1


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