什么是VCFtools

时间:2020/11/03 09:26:33

简介

VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel

2.获取源码

获取“vcftools-0.1.16”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz-O vcftools-0.1.16.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码目录。

tar-zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz
cd vcftools-0.1.16

2)生成configure文件。

.

/autogen.sh

3)配置生成Makefile。

./configure-prefix=/usr/local/vcftools

4)编译安装。

make-j4
make install

5)配置环境。

a.修改环境变量。

vim/etc/profile

在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码:

export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH

b.按“Ecs”,输入“wq!”保存后退出。

c.运行下面命令,使修改的环境变量生效。

source/etc/profile

4.运行和验证

1)查看版本。

查看VCFtools版本信息。

vcftools--version

当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools安装成功。

VCFtools(0.1.16)

2)测试数据。

test目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。

cd/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples
vcftools--vcf shuffle-test.vcf--missing-site--out ms

当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools能够正常使用。

VCFtools(0.1.16)
(C)Adam Autom and Anthony Marchetta 2009
Parameters as interpreted:
--vcf shuffle-test.vcf
--out ms
--missing-site
After filtering,kept 2 out of 2 Individuals
Outputting Site Missingness
After filtering,kept 6 out of a possible 6 Sites
Run Time=0.00 seconds

 

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