简介

smartdenovo是一个同时适用于pacbio和nanopore测序数据的denovo组装软件，它是一款基于C语言开发的开源软件。相较于其他组装软件(如：canu、falcon)，smartdenovo组装可从raw reads开始，不需要经过error correction纠错过程。经初步组装后，smartdenovo还提供了工具对初始组装的contig进行polish，生成consensus，也可以使用其他consensus polish工具来纠错。

配置流程

1、配置编译环境

安装wget工具。

yum install wget-y

2、获取源码

获取“smartdenovo”源码包。

cd/usr/local/src
git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git

3、编译和安装

1)进入smartdenovo的文件目录。

cd/usr/local/src/

2)下载文件。

由于在X86上指令优化用的是SSE，在鲲鹏下使用是neon，因此下载“sse2neon.h”，使用此头文件替换sse。

wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip
unzip master.zip
mv./sse2neon-master/SSE2NEON.h./sse2neon-master/sse2neon.h
cp./sse2neon-master/sse2neon.h./smartdenovo/

3)修改smartdenovo编译参数。

Makefile中通过编译选项配置支持SSE3，但是ARM版本的gcc无法识别X86平台的编译选项，因此需要删除Makefile中的-mpopcnt-mssse3这部分编译选项，并同时在CFLAGS增加-march=armv8-a，GENERIC_SRC中增加“sse2neon.h”，并下载“sse2neon.h”放入目录中。

cd/usr/local/src/smartdenovo/
vi Makefile

更改为如下所示：“CFLAGS”增加“-march=armv8-a”，“GENERIC_SRC”增加“sse2neon.h”，如图1-1编译和安装所示。更改完成后，保存退出。

图1-1修改Makefile

4)修改“ksw.c”程序中替换引用的头文件。

vi/usr/local/src/smartdenovo/ksw.c

如图5-2所示，注释掉“#include<emmintrin.h>”,增加“#include"sse2neon.h"”，修改完成后，保存退出。

图1-2修改“ksw.c”

5)编译smartdenovo。

cd/usr/local/src/smartdenovo
make&&make install

4、运行和验证

查看编译smartdenovo所生成的可执行文件。

ll/usr/local/bin/|grep wt

回显内容如下，表示测试结果正常。

[root ecs-smartdenovo-x bin]#ll/usr/local/bin/|grep wt
-rwxr-xr-x 1 root root 75464 Aug 26 17:02 wtclp
-rwxr-xr-x 1 root root 143168 Aug 26 17:02 wtcns
-rwxr-xr-x 1 root root 75264 Aug 26 17:02 wtcyc
-rwxr-xr-x 1 root root 76288 Aug 26 17:02 wtext
-rwxr-xr-x 1 root root 144696 Aug 26 17:02 wtgbo
-rwxr-xr-x 1 root root 146664 Aug 26 17:02 wtlay
-rwxr-xr-x 1 root root 74128 Aug 26 17:02 wtmer
-rwxr-xr-x 1 root root 143112 Aug 26 17:02 wtmsa
-rwxr-xr-x 1 root root 75536 Aug 26 17:02 wtobt
-rwxr-xr-x 1 root root 73976 Aug 26 17:02 wtpre
-rwxr-xr-x 1 root root 210128 Aug 26 17:02 wtzmo