Bowtie如何配置

时间:2020-11-03 17:01:44

简介

Bowtie是一个快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install gcc gcc-c++zlib-devel-y

2.获取源码

获取“bowtie 1.2.3”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip

3.编译和安装

1)解压并进入源码目录。

unzip v1.2.3.zip
cd bowtie-1.2.3

2)修改Makefile文件。

vim Makefile

修改前。

BITS=32
ifeq(x86_64,$(shell uname-m))
BITS=64
endif
#msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.
ifneq(,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))
ifeq(1,$(MINGW))
BITS=64
endif
endif
ifeq(1,$(LINUX))
ifeq(x86_64,$(shell uname-p))
BITS=64
endif
endif
ifeq(32,$(BITS))
$(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform)
endif
DEBUG_FLAGS=-O0-g3-m64
RELEASE_FLAGS=-O3-m64
NOASSERT_FLAGS=-DNDEBUG
FILE_FLAGS=-D_LARGEFILE_SOURCE-D_FILE_OFFSET_BITS=64-D_GNU_SOURCE

修改后。

BITS=32
ifeq(x86_64,$(shell uname-m))
BITS=64
endif
ifeq(aarch64,$(shell uname-m))
BITS=64
endif
#msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.
ifneq(,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))
ifeq(1,$(MINGW))
BITS=64
endif
endif
ifeq(1,$(LINUX))
ifeq(x86_64,$(shell uname-p))
BITS=64
endif
endif
ifeq(32,$(BITS))
$(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform)
endif
#DEBUG_FLAGS=-O0-g3-m64
#RELEASE_FLAGS=-O3-m64
#NOASSERT_FLAGS=-DNDEBUG
#FILE_FLAGS=-D_LARGEFILE_SOURCE-D_FILE_OFFSET_BITS=64-D_GNU_SOURCE
M64_FLAG:=-m64
ifeq(aarch64,$(shell uname-m))
M64_FLAG:=
endif

3)添加环境变量。

export NO_TBB=1
export POPCNT_CAPABILITY=0

4)编译Bowtie。

make-j4

5)添加环境变量。

vim/etc/profile

将如下内容写入文件最后一行。

export PATH=/usr/local/src/bowtie-1.2.3:$PATH

保存并退出,然后执行如下命令是环境变量生效。

source/etc/profile

4.运行和验证

查看Bowtie版本信息。

bowtie--version

回显类似如下信息表示Bowtie安装成功。

/usr/local/src/bowtie-1.2.3/bowtie-align-s version 1.2.3
64-bit
...


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