什么是HTSeq_HTSeq配置流程-华为云

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HTSeq是什么

时间: 2020-11-04 17:13:59

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简介

HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件，能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂，容易上手。

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2-devel xz-devel zlib-devel-y

2.编译和安装

安装HTSeq。

pip3 install HTSeq

3.运行和验证

1）查看Python模块安装列表。

pip3 list

...

HTSeq(0.12.4)

...

2）Python中引入HTSeq模块。

python3

import HTSeq as ht

print(ht.__version__)

出现类似如下回显表示HTSeq可以成功使用。

0.12.4