HTSlib是什么

时间:2020/11/03 02:43:01

简介

HTSlib是一个C库,用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。HTSlib还提供了bgzip,htsfile和tabix实用程序。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y

2.获取源码

获取“htslib-1.10.2”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

3.编译和安装

1)解压并进入源码目录。

tar-jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2
cd htslib-1.10.2

2)配置生成Makefile。

./configure

3)编译安装。

make-j4
make install

4.运行和验证

查看HTSlib引用程序版本信息。

bgzip--version
htsfile--version
tabix--version

当系统回显类似如下信息是,表示HTSlib安装成功。

[root ecs~]#bgzip--version
bgzip(htslib)1.10.2
Copyright(c)2019 Genome Research Ltd.
[root ecs~]#htsfile--version
htsfile(htslib)1.10.2
Copyright(c)2019 Genome Research Ltd.
[root ecs~]#tabix--version
tabix(htslib)1.10.2
Copyright(c)2019 Genome Research Ltd.


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