什么是SAMtools

时间:2020-11-04 17:41:02

简介

SAMtools是一组实用程序,用于与Heng Li编写的SAM,BAM和CRAM格式的短DNA序列读取比对进行交互并进行后处理。这些文件是由短读取对齐器(如BWA)作为输出生成的。提供了简单和高级工具,支持复杂任务,例如变体调用和对齐查看以及分类、索引、数据提取和格式转换。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖

yum install-y bzip2 bzip2-devel ncurses ncurses-devel xz xz-devel libcurl libcurl-devel zlib zlib-devel

2.获取源码

获取“samtools-1.10”源码包。

cd/usr/local/src

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

cd/usr/local/src/

tar-jxvf samtools-1.10.tar.bz2&&cd samtools-1.10

2)配置生成Makefile。

./configure

3)编译samtools。

make-j4&&make install

4.运行和验证

查看samtools版本信息。

samtools--version

当系统回显类似如下信息时,表示samtools安装成功。

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