VarScan2如何配置

时间:2020-11-03 16:55:50

简介

VarScan2是独立于平台的突变调用程序,用于在lllumina、SILiD、Life/PGM、Roche/454和类似仪器上生成的靶向,外显子组和全基因组数据重测序。最新版VarScan2使用Java编写,因此它可以在绝大多数平台运行。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

yum install-y git java-1.8.0-openjdk

2.获取源码

获取“VarScan2 v2.4.1”源码包。

cd/usr/local/src
git clone https://github.com/dkoboldt/varscan.git

3.运行和验证

查看jar包执行参数。

cd varscan
java-jar VarScan.v2.4.1.jar

出现类似如下回显表示VarScan2可正常使用。

VarScan v2.4
***NON-COMMERCLAL VERSION***
USAGE:java-jar VarScan.jar[COMMAND][OPTIONS]
COMMANDS:
pileup2snp Identify SNPs FROM a pileup file
pileup2indel Identify indels a pileup file
pileup2cns Call consensus and variants from a pileup file
...

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