miRanda是什么

2020-11-03 16:31:07

miRanda是一种用于寻找microRNA基因组标靶的算法。该算法有C语言编写，可视作GPL下的开源方法使用。

什么是goseq

2020-11-03 16:28:26

goseq是R语言软件包，用于寻找GO terms，即基因富集分析。

GMAP是什么

2020-11-03 16:13:46

mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序

edgeR是什么

2020-11-03 16:03:07

edgeR是R语言软件包，主要用于DNA测序技术产生的计数数据差异分析。特别是设计用于RNA-Seq或SAGE数据的差异表达分析。

什么是DEXSeq

2020-11-03 16:00:36

DEXSeq是R语言软件包，主要通过样品之间RNA-seq外显子计数实验设计来发现外显子的差异。

什么是DESeq2

2020-11-03 15:55:57

DESeq2是R语言软件包，旨在用于高维计数数据的标准化可视化和差异分析。

Strelka2是什么

2020-11-03 15:53:01

Strelka2是一种快速，准确的小变异体调用程序，已用于分析小型队列的种系变异和肿瘤/正常样本对的体细胞变异。

如何配置topGO

2020-11-03 15:40:19

topGO是R语言软件包，主要用于统计转录组的统计分析，包括灵活的差异表达分析。

Subread如何安装

2020-11-03 15:37:24

一种通用的read对比软件，它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于发现基因组突变，包括短插入缺失和结构变异。

什么是VCFtools

2020-11-03 15:34:11

VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。

SpeedSeq是什么

2020-11-03 14:58:13

SpeedSeq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架，发表在Nature Method上，封装了大量基因组分析的软件，比如比对软件BWA，calling SNP软件freebays，SV鉴定软件lumpy等。

SeqTK是什么

2020-11-03 14:41:48

SeqTK是一种快速轻巧的工具，用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以无缝解析FASTQ和FASTA文件，也可以选择使用gzip对其进行压缩。

SnpEff如何配置

2020-11-03 14:31:58

SnpEff是一款常用的突变位点注释工具。这款软件基于Java语言开发，安装过程相对简单，下载后解压缩即可使用。

RSEM是什么

2020-11-03 14:22:16

RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。RSEM软件包提供了用户友好的界面，支持用于EM算法，单端和双端读取数据，质量得分，可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。

randfold是什么

2020-11-03 14:06:59

randfold是一个独立的基因测序相关软件，它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。它根据改组后的序列计算推断结构的最小自由能（MFE），并多次重复计算以建立最小自由能（MFE）值的分布。

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