数据库审计

2020-11-05 10:45:26

数据库 审计（简称DBAudit）能够实时记录网络上的数据库活动，它是一种对数据库操作进行细粒度审计的合规性管理，它可以对数据库遭受到的风险行为进行告警，对攻击行为进行阻断。

racon是什么

2020-11-05 10:39:27

racon是一款在Github上发布的C++ 开源 软件，用于对一些不产生consensus的快速组装软件组装得到的原始contig序列的纠错，生成基因组一致性序列，同时支持Pacbio和Oxford Nanopore测序数据。

MySQL

2020-11-05 10:38:56

MySQL是一种关系型数据库管理系统，它将数据保存在不同的表中，而不是放在一个大仓库内，增加了访问速度并提高了灵活性。MySQL所使用的 SQL 语言是用于访问数据库的最常用标准化语言。MySQL软件分为社区版和商业版，由于其体积小、速度快、成本低、开放源码等特点，受到广大中小型网站开发者的喜爱。MySQL 是目前最流行的开源型关系数据库，大多应用于互联网行业。例如：网站系统、日志记录系统、 数据仓库 系统等。

Minimap2是什么

2020-11-05 10:07:19

Minimap2是一种​​多功能序列比对程序，可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库对齐。

什么是Miniasm

2020-11-05 10:01:08

Miniasm是由李恒开发，适合于小基因组及重复序列比例低的基因组组装，相对于Canu和Falcon软件，Miniasm组装速度非常快。

ROMs是什么

2020-11-05 09:55:45

ROMs（Regional Ocean Modeling System）是海洋研究机构常用的区域和大洋环流模式，已经在CO-OPS开始得到大量使用，并且将其列为业务化海洋模式之一。R OMS 模式采用F90/F95编写，代码结构依据网格特点编写，支持共享存储和消息传递两种多处理器体系架构，其对集群性能要求较高，具有计算密集、IO读写量较大、网络延迟带宽要求高的特点。

什么是FVCOM

2020-11-05 09:40:36

FVCOM是无结构三角形网格架构、有限体积、自由表面、三维原始方程海洋数值模型，包含了多种物理、水质、生态计算模块。FVCOM模型输入输出基于标准化NETCDF格式，具有平台通用兼容性，并能使用VISIT可视化软件是输入输出结构进行快速二维/三维可视化。

CMAQ是什么

2020-11-05 09:31:54

CMAQ（Community Multiscale Air Quality通用多尺度空气质量）模型，是美国环保局开发的第三代空气质量预报和评估系统（Models-3）的核心组成之一

什么是SAMtools

2020-11-04 17:41:02

SAMtools是一组实用程序，用于与Heng Li编写的SAM，BAM和C RAM 格式的短DNA序列读取比对进行交互并进行后处理。这些文件是由短读取对齐器（如BWA）作为输出生成的。提供了简单和高级工具，支持复杂任务，例如变体调用和对齐查看以及分类、索引、数据提取和格式转换。

如何配置StringTie

2020-11-04 17:16:12

StringTie是一种快速高效的RNA-Seq序列比对组装器。它的输入不仅包括其他转录本汇编程序也可以使用短读序列的对比。为了在实验之间鉴定差异表达的基因，可以使用Ballgown，Cuffdiff或其他（DESeq，edgeR等）专用软件来处理StringTie的输出。

HTSeq是什么

2020-11-04 17:13:59

HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件，能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂，容易上手。

gvcftools是什么

2020-11-04 16:53:03

gvcftools是用于创建和分析gVCF文件的小型实用程序包

什么是GATK?

2020-11-04 16:48:09

GATK全称Genome Anlysis Toolkit，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，用于从sequencing数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。

BreakDancer是什么

2020-11-04 16:34:11

BreakDancer是一个C++软件包，可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序，BreakDancerMax预测五种类型的结构变异；BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。

bedtools如何配置

2020-11-04 16:24:00

bedtools实用程序是用于处理基因组信息分析的强大工具集合。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（ 例如BAM，BED，GFF/ GTF，VCF）与多个文件中的基因组间隔相交，合并，计数，互补和混洗。虽然每个工具都设计为执行相对简单的任务（例如，将两个间隔文件相交），但可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行相当复杂的分析。

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