如何配置topGO

时间:2020-11-03 17:27:20

简介

topGO是R语言软件包,主要用于统计转录组的统计分析,包括灵活的差异表达分析。

配置流程

1.配置编译环境

1)安装相关依赖。

apt-get install-y liblapack-dev libxml2-dev libxml++2.6-dev libpng++-dev libjpeg62-dev libssl-dev gfortran libreadline-dev libxt-dev libbz2-dev liblzma-dev libghc-curl-dev libghc-zlib-dev libpcre++-dev

2)安装R语言。

a.获取“R-3.6.1”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

b.解压并进入R源码包。

tar-zxvf R-3.6.1.tar.gz&&cd R-3.6.1

c.编译安装R。

./configure--prefix=/usr/local/R-3.6.1--enable-R-shlib
make-j4&&make install

d.配置R环境变量。

vim/etc/profile

添加如下内容:

export PATH=/usr/local/R-3.6.1/bin:$PATH

e.保存退出,执行如下命令是环境变量生效。

source/etc/profile

2.编译和安装

1)进入R语言交互界面。

R

2)执行R指令安装topGO。

if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")

在弹出的服务器地址中选择对应的地址号,然后回车输入。

...
14:China(Hong Kong)[https]
15:China(Guangzhou)[https]
16:China(Lanzhou)[https]
17:China(Shanghai)[https]
...
BiocManager::install("topGO")

中途会弹出一个信息输入提示,输入“a”回车即可。

Making'packages.html'...done
Old packages:'boot','class','KernSmooth','lattice','MASS','Matrix',
'mgcv','nlme','nnet','spatial'
Update all/some/none?[a/s/n]:

3.运行和验证

1)查看R语言库。

library()

在回显的R包列表会出现如下信息:

topGO Enrichment Analysis for Gene Ontology

2)引入topGO包。

library("topGO")

未出现报错信息则代表引入成功。

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