如何配置topGO
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简介
topGO是R语言软件包，主要用于统计转录组的统计分析，包括灵活的差异表达分析。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装相关依赖。
apt-get install-y liblapack-dev libxml2-dev libxml++2.6-dev libpng++-dev libjpeg62-dev libssl-dev gfortran libreadline-dev libxt-dev libbz2-dev liblzma-dev libghc-curl-dev libghc-zlib-dev libpcre++-dev
2）安装R语言。
a.获取“R-3.6.1”源码包。
cd/usr/local/src wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
b.解压并进入R源码包。
tar-zxvf R-3.6.1.tar.gz&&cd R-3.6.1
c.编译安装R。
./configure--prefix=/usr/local/R-3.6.1--enable-R-shlib make-j4&&make install
d.配置R环境变量。
vim/etc/profile
添加如下内容：
export PATH=/usr/local/R-3.6.1/bin:$PATH
e.保存退出，执行如下命令是环境变量生效。
source/etc/profile
2.编译和安装
1）进入R语言交互界面。
R
2）执行R指令安装topGO。
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
在弹出的服务器地址中选择对应的地址号，然后回车输入。
...
14:China(Hong Kong)[https]
15:China(Guangzhou)[https]
16:China(Lanzhou)[https]
17:China(Shanghai)[https]
...
BiocManager::install("topGO")
中途会弹出一个信息输入提示，输入“a”回车即可。
Making'packages.html'...done Old packages:'boot','class','KernSmooth','lattice','MASS','Matrix', 'mgcv','nlme','nnet','spatial' Update all/some/none?[a/s/n]:
3.运行和验证
1）查看R语言库。
library()
在回显的R包列表会出现如下信息：
topGO Enrichment Analysis for Gene Ontology
2）引入topGO包。
library("topGO")
未出现报错信息则代表引入成功。
