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- gcs基因容器 内容精选 换一换
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首先以执行单一命令为例。以 gcs sub job 为例，我们使用： gcs sub job --cpu 0.5 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成G CS 流程示例 该命令将会生成以下模板，并提交基因容器语法解析器： 1来自：帮助中心gcs config list显示初始化命令行工具结果，命令执行结果中的参数说明请参见config.ini配置说明。gcs config list无查看配置文件内容：示例执行结果：来自：帮助中心
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设置环境默认使用的sfs pvc。gcs set sfssfsPvcName来自：帮助中心提交单个WDL流程到Cromwell引擎。gcs sub wdl FILENAME [flags]提交wdl流程。回显内容如下。来自：帮助中心
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初始化命令行工具，在使用其它命令前，必需先执行本命令初始化命令行工具。该命令执行后，将生成命令行工具配置文件，路径为 ~/.gcs/config.ini ，用于存储配置信息。配置文件的详细说明请参见config.ini配置说明。若要修改配置文件，同样可以使用本命令，增加特定字段，指定任务执行时使用的存储、计算资源。执行本命令时，若~/.g来自：帮助中心![]()
获取当前用户下所有计算环境信息列表。gcs get environment [environmentID]environment可以简写为env，即gcs get env [environmentID]集群资源不足，可以去云容器引擎（https://console.huaweicloud.com/cce2.0/）中，为集群添加更多、更来自：帮助中心![]()
上传文件到环境关联的obs桶中。gcs obs upload FILENAME [params]upload可以简写为up，即：gcs obs up FILENAME [params]上传后未发现文件，请在数据存储中，确认是否使用了正确的桶。不支持本地文件夹上传上传文件到 OBS 桶：示例执行结果：OBS 中显示上传文件：来自：帮助中心![]()
提交单个 shell 脚本，作为 job 在后台执行。gcs sub jobFILENAME [params]job可以简写为jb，即：gcs sub jbFILENAME [params]提交 bwa-help.sh，查看 bwa 软件版本，将结果重定向到 /obs/log.err 文件中。示例执行后，在OBS 桶中，log.err来自：帮助中心![]()
查看任务信息。gcs del execution EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]execution可以简写为exec，即：gcs del exec EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]由于删除动作是异步的，所以删除完成后，gcs来自：帮助中心![]()
使用示例 设置默认环境为“gcs-env-gcsdebug” gcs set env gcs-env-gcsdebug 示例执行结果： current environment is gcs-env-gcsdebug please set sfs-pvc-name for environment来自：帮助中心![]()
设置指定execution状态启停。gcs set executionexecutionId [params]execution可以简写为exec，即：gcs set execexecutionId [params]来自：帮助中心![]()
获取所有tool、指定tool或者名称符合条件的tool的信息。gcs get tool TOOLID [params]获取所有模板信息。gcs get tool { "tools": [ { "tool": [ { "guid": "04e20b56-962d-24d8-0eb来自：帮助中心![]()
查询提交的wdl流程执行结果。gcs get wdl ID [flags]查询单个执行结果详细信息。gcs get wdl aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6返回内容如下。{ "execution": { "project_id": "", "domain_i来自：帮助中心![]()
下载并配置GCS命令行工具，方法请参见安装命令行工具。 使用命令行工具查询环境。 执行./gcs get environment 查看当前账号下可用的环境列表： 设置环境。 执行./gcs set env设置后续测序使用的环境： ./gcs set env gcs-env-cc来自：帮助中心![]()
查看命令行工具的软件版本以及编译平台。gcs versionversion可以简写为ver，即：gcs ver查看软件版本：示例执行结果：来自：帮助中心![]()
提交一组并行的 shell 脚本，作为多个 job 在后台执行。gcs sub repjob FILENAME [params]rejob可以简写为rjb，即：gcs sub rjb FILENAME [params]提交多个并行 shell 脚本具体格式如下：首先准备需要并行的单一脚本 bwa_mem.sh，对 fastq 原始文件来自：帮助中心![]()
查看任务信息。gcs get executionEXECUTIONID [params]execution可以简写为exec，即：gcs get execEXECUTIONID [params]可以直接执行 gcs get execution，显示所有任务情况。也可以 gcs get execution executionID 指定显示单来自：帮助中心![]()
下载kubetcl命令行工具，并进行相关配置。gcs get kubectlkubectl可以简写为kube，即：gcs get kube无执行本命令前请先删除当前目录下当前目录下 kubectl* 相关文件及目录。命令执行完成后，根据使用场景，按需切换kubectl的访问模式。VPC网络内接入访问请执行此命令。kubectl confi来自：帮助中心
