如何配置StringTie

时间:2020-11-04 17:16:12

简介

StringTie是一种快速高效的RNA-Seq序列比对组装器。它的输入不仅包括其他转录本汇编程序也可以使用短读序列的对比。为了在实验之间鉴定差异表达的基因,可以使用Ballgown,Cuffdiff或其他(DESeq,edgeR等)专用软件来处理StringTie的输出。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖

yum install-y zlib zlib-devel

2.获取源码

获取“stringtie-1.3.6”源码包。

cd/usr/local/

wget https://github.com/gpertea/stringtie/archive/v1.3.6.tar.gz

3.编译和安装

1)解压并进入源码包。

cd/usr/local/

tar-zxvf v1.3.6.tar.gz&&cd stringtie-1.3.6

2)编译stringtie。

make-j4 release

4.运行和验证

查看stringtie版本信息。

./stringtie--version

当系统回显类似如下信息时,表示stringtie安装成功。

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