云数据库 RDS for MySQL
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    CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$JAVA_HOME/lib/junit-4.12.jar:$JAVA_HOME/lib/hamcrest-core-1.3.jar:$CLASSPATH export PATH
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    运行和验证 查看jar包执行参数。 cd varscan java-jar VarScan.v2.4.1.jar 出现类似如下回显表示VarScan2可正常使用。 VarScan v2.4 ***NON-COMMERCLAL VERSION*** USAGE:java-jar VarScan
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    用户可以基于Spark的API进行二次开发,构建自定义Jar包并提交到 CS 集群上运行,CS完全兼容开源社区接口。 创建Spark自定义作业的前提条件: 确保已创建运行自定义作业所需的CS独享集群 确保在构建应用Jar包时,将Spark的相关依赖排除 确保已将自定义Jar包上传到 OBS 桶中 确保已创建DIS的输入输出通道并配置了转储任务
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    1)下载数据。 cd snpEff java-jar snpEff.jar download GRCh38.86 执行完毕后会在当前目录下生成一个“data/GRCh38.86”目录。 2)进行注释。 java-Xmx4G-jar snpEff.jar GRCh38.86 examples/test
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