华为云用户手册

  • 响应示例 状态码: 200 OK { "id" : "1", "command" : "printf 'Hello World!' | split -b 6 - chunk_\n echo 'Hello World!'", "status" : "COMPLETED", "exit" : 0, "work_dir" : "/nextflow/__nextflow_work__/a49cd176-c35a-4e27-b287-659a7de1b9d9/c75e9b6b-c719-40cc-a77a -772a367b3068/bf/96d1bcb452ae0b420c74965b3b770d", "module" : [ ], "container" : "100.79.1.215:20202/hwofficial/coredns:1.23.2", "attempt" : 1, "execution_time" : { "submit" : "2023-03-15T07:43:51Z", "start" : "2023-03-15T07:43:52Z", "complete" : "2023-03-15T07:43:54Z", "duration" : 2445, "realtime" : 588 }, "resource_requested" : { "container" : "100.79.1.215:20202/hwofficial/coredns:1.23.2", "cpus" : 1 }, "resource_usage" : { "cpu_percent" : 1.7, "mem_percent" : 0, "rchar" : 44191, "wchar" : 244, "read_bytes" : 4096, "write_bytes" : 0, "vmem" : 3735552, "rss" : 2658304, "peak_vmem" : 3735552, "peak_rss" : 2658304, "syscr" : 125, "syscw" : 16, "vol_ctxt" : 6, "inv_ctxt" : 0 } }
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String task id command String task执行命令 status String task状态 error_action String task失败后的策略 exit Integer task退出状态码 work_dir String task执行路径 environment String task执行的环境变量值 module Array of strings 子任务运行环境列表 container String 容器名称 attempt Integer 执行次数 scratch String 临时工作目录 execution_time NextflowTaskExecutionTime object task执行时间信息 resource_requested NextflowTaskResourceRequested object task资源信息 resource_usage NextflowTaskResourceUsage object task资源使用信息 表4 NextflowTaskExecutionTime 参数 参数类型 描述 submit String 提交时间 start String 开始时间 complete String 完成时间 duration Long 总时间 realtime Long 实际运行时间 表5 NextflowTaskResourceRequested 参数 参数类型 描述 container String 容器名称 queue String 执行队列,使用','分隔多个值 cpus Integer 指定task执行需要的cpu数量 memory String 指定task执行需要的内存大小 disk String 指定task执行需要的磁盘大小 time String 指定task执行需要的时间 表6 NextflowTaskResourceUsage 参数 参数类型 描述 cpu_percent Double cpu占用率 mem_percent Double 内存占用率 rchar Long 读取字符数 wchar Long 写入字符数 read_bytes Long 读取字节数 write_bytes Long 写入字符数 vmem Long process虚拟内存大小 rss Long process实际内存大小 peak_vmem Long process虚拟内存峰值 peak_rss Long process实际内存峰值 syscr Long 系统调用次数 syscw Long 系统调用次数 vol_ctxt Long 自愿上下文切换数 inv_ctxt Long 非自愿上下文切换数
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id}/tasks/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 task_id 是 String task id 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "report_files" : [ { "name" : "DAG.png", "download_url" : "https://nextflow-cn-north-7-07d79450.obs.cn-north-7.ulanqab.huawei.com/__nextflow_run__/xxx-xxx-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }, { "name" : "report.html", "download_url" : "https://nextflow-cn-north-7-07d79450.obs.cn-north-7.ulanqab.huawei.com/__nextflow_run__/xxx-xxx-xxx/xx-xxxx-xxxxx/report.html?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" } ] }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id}/reports 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 report_files Array of NextflowJobReportFile objects 作业报告文件列表 表4 NextflowJobReportFile 参数 参数类型 描述 name String 报告文件名 最小长度:1 最大长度:1024 download_url String 报告文件下载地址 最小长度:1 最大长度:1024
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "count" : 1, "logs" : [ "Nextflow log" ], "download_url" : "https://nextflow-cn-north-4-07d79450.obs.cn-north-4.ulanqab.huawei.com/__nextflow_run__/xxx-xxx-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id}/logs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "COMPLETED", "has_ignore_failed_tasks" : false, "create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "workflow_name" : "demo-workflow", "workflow_id" : "56e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "command_line" : "nextflow run main.nf", "params" : [ { "name" : "p1", "value" : "hello", "type" : "Other", "description" : "desc", "required" : true } ], "config_files" : [ "nextflow.config" ], "config_context" : "config content" }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128 task_id 是 String 下载任务ID。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 任务状态:WAITING、RUNNING、FINISHED、CANCELLED、ABNORMAL、FAILED。 最小长度:1 最大长度:16 filename String 下载文件名。 最小长度:1 最大长度:512 out_dir String 下载路径。 最小长度:1 最大长度:2000 progress TaskProgress object 任务进度。 表4 TaskProgress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 最小值:0 最大值:1
  • 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 作业日志条数 logs Array of LogContentDto objects 作业日志内容列表 log_storage_link String 作业日志存储链接 表5 LogContentDto 参数 参数类型 描述 collect_time String 作业日志采集时间 content String 作业日志内容
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/logs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 task_name 是 String 子任务名称 缺省值:task0 最小长度:1 最大长度:128 task_index 否 String 子任务并发的序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 X-Language 否 String Locale语言类型,zh_cn返回中文,en_us返回英文 缺省值:en_us 最小长度:1 最大长度:10
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 条数 events Array of JobEventRsp objects 作业事件列表 表4 JobEventRsp 参数 参数类型 描述 action_name String 执行动作名称 count Integer 作业启动事件发生次数 first_timestamp String 作业启动事件首次上报时间 last_timestamp String 作业启动事件末次上报时间 message String 作业启动事件详细信息 reason String 作业启动事件状态 type String 作业启动事件类型
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "count" : 1, "events" : [ { "action_name" : "create", "count" : 1, "first_timestamp" : "2021-01-30T02:34:36Z", "last_timestamp" : "2021-01-30T02:34:36Z", "message" : "创建k8s Job对象 app1-1-0-093a002fa000217 成功", "reason" : "创建成功##SuccessfulCreate", "type" : "Normal" } ] }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/events 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir" : "/job/task", "status" : "SUCCEEDED", "create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "tool_info" : { "tool_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tool_name" : "demo-workflow", "tool_version" : "1.0.0", "tool_type" : "workflow" }, "tasks" : [ { "task_name" : "app1-1", "display_name" : "步骤1", "output_dir" : "/task", "whole_output_dir" : "/workflow/task", "io_acc_type" : "SFS", "resources" : { "cpu_type" : "X86", "cpu" : "1C", "memory" : "1G", "gpu_type" : "GPU", "gpu" : 0 }, "location" : { "x" : 100, "y" : 100 }, "inputs" : [ { "name" : "dir-parameter", "values" : [ "/test" ] } ], "app_info" : { "app_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_name" : "demo-app", "app_version" : "1.0.0", "app_labels" : [ "labelA", "labelB" ], "app_summary" : "summary", "app_description" : "description", "app_image" : "gwj-test-01/busybox:latest", "app_commands" : [ "echo eihealth;" ], "app_input_parameters" : [ { "name" : "dir-parameter", "description" : "parameter description", "required" : true, "type" : "DIRECTORY", "pattern" : "*.fastq", "values" : [ "/test" ], "enum" : [ "/test" ] } ], "app_output_parameters" : [ { "name" : "dir-parameter", "description" : "parameter description", "required" : true, "type" : "DIRECTORY", "pattern" : "*.fastq", "values" : [ "/test" ] } ] } } ], "task_runtime_info" : [ { "task_name" : "app1-1", "create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "actual_running_time" : 100, "status" : "SUCCEEDED", "sub_tasks" : [ { "sub_task_name" : "app1-1-0", "create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "actual_running_time" : 100, "status" : "SUCCEEDED", "pod_create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "pod_start_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "job_failed_times" : 0 } ] } ], "dag" : { "app1-1" : { } } }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 实例id name String 实例名称 description String 描述 template TemplateRsp object 模板详情 creator String 创建者 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 data_count Long 数据条目 source_project_name String 源项目名 source_project_id String 源项目id source_id String 源实例id is_prefab Boolean 是否为预置实例 表4 TemplateRsp 参数 参数类型 描述 id String 模板id name String 模板名称 description String 模板描述 source_project_name String 来源项目名称 source_project_id String 来源项目id source_template_id String 来源模板id creator String 创建者 columns Array of DatabaseColumnDto objects 数据库列信息列表 create_time String 创建时间 primary_key String 主键 is_prefab Boolean 是否是预置模板 表5 DatabaseColumnDto 参数 参数类型 描述 name String 列名 最小长度:1 最大长度:55 type String 列类型 枚举值: Long String Double description String 列描述信息 最小长度:0 最大长度:1024 nullable Boolean 列是否允许为空 primary Boolean 是否作为主键 searchable Boolean 是否可查询 unique Boolean 是否唯一 tips String 查询参数格式的提示信息 最小长度:0 最大长度:1024
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "name" : "demo-instance", "description" : "description", "template" : { "id" : "44e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "name" : "demo-template", "description" : "description", "source_project_name" : "source project", "source_project_id" : "16e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "source_template_id" : "36e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "creator" : "demo-user", "columns" : [ { "name" : "column1", "type" : "Long", "description" : "description", "nullable" : false, "primary" : true, "searchable" : true, "unique" : true, "tips" : "tips" } ], "create_time" : "2021-01-29T09:10:27Z", "primary_key" : "ID,GROUP", "is_prefab" : false }, "creator" : "demo-user", "create_time" : "2021-01-29T09:10:27Z", "update_time" : "2021-01-29T09:10:27Z", "data_count" : 1000, "source_project_name" : "source-project", "source_project_id" : "56e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "source_id" : "44e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "is_prefab" : false }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "start_time" : "2021-01-30T02:34:37Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "molecule_file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "num_trials" : 500, "binding_sites" : [ { "name" : "target1", "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/test.pdb" }, "engine" : "DSDP", "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 500, 500, 500 ] }, "remove_ion" : false, "remove_water" : false, "remove_ligand" : true } ], "weak_constraints" : [ { "name" : "eye_corrosion", "type" : "bool", "bool" : true } ], "strong_constraints" : [ { "name" : "sascore", "type" : "range", "range" : [ 0, 1 ] } ] }
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles_list Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:0 最大值:5000 initial_dataset_size Integer 初始化数据集的分子数目。当为-1时,表示分子数目未知。 最小值:-1 最大值:100000 binding_sites Array of BindSiteDto objects 靶点列表。 数组长度:0 - 2 weak_constraints Array of WeakConstraintDto objects 弱约束集合。 数组长度:0 - 16 strong_constraints Array of StrongConstraintDto objects 强约束集合。 数组长度:0 - 5 base_model BaseModel object 基模型。 models Array of BasicDrugModel objects 模型列表。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,63],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 upstream_job_info String 上游作业信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如R CS B在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BindSiteDto 参数 参数类型 描述 name String 靶点名称,只能设置为target1或者target2。 最小长度:1 最大长度:128 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件 engine String 对接引擎,支持DSDP、AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA 最小长度:0 最大长度:15 docking_type String 对接类型,支持BLIND_DOCKING、POCKET_DOCKING。 缺省值:POCKET_DOCKING 最小长度:0 最大长度:15 bounding_box BoundingBoxDto object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion Boolean 去除受体中的离子。 缺省值:true remove_water Boolean 去除受体中的水分子。 缺省值:true remove_ligand Boolean 去除受体中的配体分子。 缺省值:true add_hydrogen Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表8 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表9 BoundingBoxDto 参数 参数类型 描述 center Array of doubles 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标。 最小值:-9999999 最大值:99999999 数组长度:3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小。 最小值:2 最大值:500 数组长度:3 - 3 padding Float 填充。 最小值:0 最大值:20 表10 WeakConstraintDto 参数 参数类型 描述 id String 自定义模型id,仅弱约束为模型时填写。 最小长度:1 最大长度:128 name String 属性名称。 最小长度:1 最大长度:128 type String 属性约束类型。 枚举值: bool range struct minimize maximize interaction bool Boolean 属性约束类型bool的参数。 range Array of floats 属性约束类型range的参数。 最小值:-9999 最大值:9999 数组长度:2 - 2 struct StructureConstraintParamsDto object 结构约束参数。 quantiles Array of floats 属性约束类型minimize和maximize的参数。 最小值:0.0 最大值:1.0 数组长度:2 - 2 interaction InteractionConstraintDto object 相互作用力约束参数。 表11 StrongConstraintDto 参数 参数类型 描述 id String 自定义模型id,仅强约束为模型时填写。 最小长度:1 最大长度:128 name String 属性名称。 最小长度:1 最大长度:128 type String 属性约束类型。 枚举值: bool range struct interaction bool Boolean 属性约束类型bool的参数。 range Array of floats 属性约束类型range的参数。 最小值:-9999 最大值:9999 数组长度:2 - 2 struct StructureConstraintParamsDto object 结构约束参数。 interaction InteractionConstraintDto object 相互作用力约束参数。 表12 StructureConstraintParamsDto 参数 参数类型 描述 structs Array of strings 子结构SMILES。 最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive Boolean 是否排除子结构。 operator String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表13 InteractionConstraintDto 参数 参数类型 描述 interactions Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度:1 - 8 exclusive Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表14 Interaction 参数 参数类型 描述 binding_site String 靶点,只支持target1或target2。 最小长度:1 最大长度:128 type String 相互作用力类型:氢键、疏水作用、盐桥、π-π堆积、π-阳离子。 枚举值: hydrogen_bond hydrophobic_action salt_bridge pi_stacking pi_cation amino_acid String 氨基酸。 最小长度:4 最大长度:16 表15 BaseModel 参数 参数类型 描述 id String 基模型id。 缺省值:pangu-drug-model 最小长度:1 最大长度:128 name String 基模型名称。 缺省值:pangu-drug-model 最小长度:1 最大长度:128 表16 BasicDrugModel 参数 参数类型 描述 id String 模型ID。 task_id String 任务ID。 name String 模型名称。 creator String 模型创建者。 type String 模型类型。 value_range ValueRange object 区间上下限,仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 表17 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower Float 区间下限,仅回归型存在。 upper Float 区间上限,仅回归型存在。
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligands" : [ { "name" : "GLY:A:514", "smiles" : "C1CCCCC1", "index" : 0, "file" : { "source" : "RAW", "format" : "PDB", "data" : "MODEL1.xxxxxxx.END" } }, { "name" : "UNK1", "smiles" : "c1ccccc1", "index" : 0, "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } } ], "graph" : { "center_id" : "GLY:A:514", "pairs" : [ { "ligand_ids" : [ "GLY:A:514", "DrugBank:UNK1" ] } ] }, "params" : { "num_pre_equilibrium_steps" : 50000, "num_equilibrium_steps" : 500000, "timestep_size" : 0.002, "num_lambda" : 20 }, "job_result" : { "total_count" : 10, "failed_count" : 1 } }
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件。 add_membrane Boolean 是否加膜处理。 缺省值:false ligands Array of LigandPreviewDto objects 配体列表。 graph FepGraphDto object 路径图。 params FepParamDto object FEP设置参数。 job_result JobResult object 作业结果信息。 part_failed_reason Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,63],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 upstream_job_info String 上游作业信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间,毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 LigandPreviewDto 参数 参数类型 描述 index Integer 配体索引(从0起编号)。 最小值:0 最大值:99 file DrugFile object 配体文件 name String 配体名称,若无名称则自动命名,格式为UNK+索引(从1起编号)。 最小长度:1 最大长度:32 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 表8 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表9 FepGraphDto 参数 参数类型 描述 center_id String 中心配体名称。 最小长度:1 最大长度:32 pairs Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度:1 - 100 表10 SimilarityDto 参数 参数类型 描述 ligand_ids Array of strings 配体对。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:2 - 2 表11 FepParamDto 参数 参数类型 描述 pre_equilibrium_time Float 预平衡时长,单位ps,范围为0-200,不包含0,默认为100ps。 最小值:0 最大值:200.0 equilibrium_time Float 平衡时长,单位ns,范围为0-10,不包含0,默认为1ns。 最小值:0 最大值:10.0 num_pre_equilibrium_steps Integer 预平衡步数,默认为50000。 最小值:1 最大值:200000 num_equilibrium_steps Integer 平衡步数,默认为500000。 最小值:1 最大值:10000000 timestep_size Float 时间步长,单位ps,取值范围:大于0,小于等于0.005。 最小值:0.001 最大值:0.005 缺省值:0.002 num_lambda Integer lambda个数。 最小值:2 最大值:30 缺省值:20 表12 JobResult 参数 参数类型 描述 total_count Integer 输入总数。 failed_count Integer 失败个数。 sub_tasks_duration Array of floats 子任务运行时长(秒)。 数组长度:1 - 30 表13 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String 失败原因。 count Integer 失败数量。
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id。 最小长度:1 最大长度:128
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies/{study_id}/jobs/{job_id}/extremum 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 study_id 是 String study_id 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String study作业id 最小长度:1 最大长度:128
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