华为云用户手册

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用本地已填写好的流程模板workflow.yaml创建流程。 health create workflow D:\workflow.yaml 或 health create workflow -y D:\workflow.yaml# 返回结果如下create workflow succeed! workflow id : 65b7a404-3f4f-11eb-868a-fa163e3ddba1

命令结构 health delete workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程的ID（workflow-id）或流程的名称、版本、所在项目名称（workflow-name:version:srcproject），srcproject为源项目名称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 通过指定流程的ID或名称和版本删除流程。 health delete workflow 4f712af9-3f51-11eb-868a-fa163e3ddba1 或 health delete workflow workflow-name:version:srcproject# 返回结果如下delete workflow success,workflow id : 4f712af9-3f51-11eb-868a-fa163e3ddba1

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 列举路径中的文件夹对象时，需使用/xxx/格式，如示例中的/src1/和/src2/。 如果路径中带有特殊字符比如（）之类的，运行的时候需要将整个路径用""括起来，或者用\将字符转义，例如：health cp "/src2/abs（1）.txt" /src1/ 或者 health cp /src2/abs\(1\).txt /src1/ 。 cp命令源路径支持../写法。 指定具体文件进行拷贝，将src2中的abc.txt文件拷贝至src1中。 health cp /src2/abs.txt /src1/ -f# 返回结果如下copy project file successfully! 不指定具体文件进行批量拷贝，将src1中的所有文件拷贝至src2中。 health cp /src1/ /src2/ -r -f# 返回结果如下copy project file successfully! 拷贝其他项目中的文件，将project1项目中的zip文件拷贝至本项目src1中。拷贝其他项目文件，需要是该项目的成员，并具备数据操作权限，详细权限介绍请参见项目成员和权限。 health cp project1:/test/test.zip /src1/ -r -f

命令结构 health delete app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 应用的ID（app-id）或应用的名称、版本、所在项目名称（app-name:version:srcproject）。srcproject为源项目名称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 通过指定应用的ID或名称和版本删除应用。 health delete app 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000 或 health delete app app-name:version:srcproject# 返回结果如下delete app success,app id : 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 通过指定“app-id”修改应用。 health edit app 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000 -y D:\template.yaml# 返回结果如下edit app succeed! 通过指定“app-name:version:srcproject”修改应用，并修改描述信息、标签。 health edit app app-name:version:srcproject -d "详细描述" -s "简要描述" -c "fastqc" -l "labelA;labelB"# 返回结果如下edit app succeed!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用本地已填写好的应用模板app.yaml创建应用。 health create app D:\app.yaml 或 health create app -y D:\app.yaml# 返回结果如下create app succeed! app id : 84ffe6f7-3f4a-11eb-868a-fa163e3ddba1

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 假设“lmx-test-01”项目引用了来自“lmx-test-02”项目的数据，使用health switch project lmx-test-01命令进入“lmx-test-01”项目，使用health ls命令列举该项目下的对象。 指定“path”参数为根目录，查询根目录下所有对象。 health ls / -r# 返回结果如下# *表示引用的其他项目中的数据*lmx-test-02:/test1.txt*lmx-test-02:/test2.txt*lmx-test-02:/src1/*lmx-test-02:/src1/test1.txt# Folder list为本项目中的数据Folder list:/src1/ /src2/ File list:key size last_Modified /test1.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12 /test2.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/test3.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/test4.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/test5.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/test6.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/src1/test7.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12/src2/test8.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12Total size of current file is: 52.56MBFolder number is: 4File number is: 8 指定“limit”参数，并只列举项目中的3个对象。 health ls --limit 3# 返回结果如下Folder list:/src1/ /src2/ File list:key Size LastModified /test1.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12 Total size of current file is: 6.57MBFolder number is: 2File number is: 1 指定“path”参数，列举某指定路径中的对象。 health ls /src2/ # 列举路径中的文件夹对象时，需使用/xxx/格式# 返回结果如下Folder list:/src2/ # 路径中无文件夹时，返回为空File list:key Size LastModified /src2/test8.txt 6.57MB 2020/11/09 10:32:12 Total size of current file is: 6.57MBFolder number is: 1File number is: 1 指定“simple”参数，以简略格式显示对象。 health ls --simple # 返回结果如下Folder list:/src1/ /src2/ File list:/test1.txt /test2.txt /test3.txt /test4.txt /test5.txt /test6.txt /src1/test7.txt /src2/test8.txtTotal size of current file is: 52.56MBFolder number is: 2File number is: 8 指定引用项目。 health ls lmx-test-02:/src1/ --simpleStart at 2022-08-23 08:28:43.3699574 +0000 UTCListing objects .Folder list:Object list:/src1/test1.txt

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health import db template 1223454 --project lmx-test-01 --rename demo# 返回结果如下import database template finished! result is: [ { "source_project_id": "xxxx", "source_template_id": "xxxx", "destination_template_id": "", "destination_template_name": "lmx-cli-template", "failed_reason": "", "status": "success" }]

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 当前目录，不进行跳转。 health cd . 切换到上一级路径。 health cd .. 切换到指定的路径，如切换到src1。 health cd /src1 回到本项目根路径。 health cd / 回到本项目下DataSet路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据的路径，例如引用了gene-assent项目中的DataSet数据，使用health cd命令切换到该路径，并使用health ls名称查看详细数据。 当由引用数据的路径，切换到自己项目数据时，需指明具体的路径。 health cd gene-assent:/DataSet/health ls

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health create db instance demo --description desc --template-id 123456 --skip-lines 1 --delimiter '\t' --files project-01:/test1.txt;project-01:/test2/txt# 返回结果如下create database instance successfully! instance id is xxx.

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 获取作业列表 health get data-job# 返回结果如下 Name ID Type Status Creator Created Duration job-01 xxxxx BACKUP_DATA Failed LMX-01 2021-02-01 11:11:27 2sjob-02 xxxxx BACKUP_DATA_DELETE Succeeded LMX-01 2021-02-01 11:11:27 48m44sjob-03 xxxxx DATABASE_IMPORT RUNNING LMX-01 2021-02-01 11:11:27 2s 获取作业详情 health get data-job 12345678# 返回结果如下 { "complete_data": [ "0000000000/" ], "running_data": [], "creator": "ei_eihealth_02", "source_project_name": "drug-screening-demo-01", "id": "xxxx", "name": "abc/abc", "sources": [ "0000000000/" ], "create_time": "2021-06-17T07:57:35Z", "end_time": "2021-06-17T11:46:37Z", "status": "RUNNING", "destinations": [ "xxxx/" ], "type": "BACKUP_DATA"} 获取数据作业执行日志 health get data-job 12345678 --log# 返回结果如下 2021-02-01 11:11:27Complete import file lmx-test-01:/lmx-database/data1.txt2021-02-01 11:11:27Import row 2-4 of file lmx-test-01:/lmx-database/data1.txt 下载数据作业执行日志 health get data-job 12345678 --file d:/log.txt # 返回结果如下 download the log file of data job to d:/log.txt successfully!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 恢复归档数据到根目录 health restore archive 123456 -d wwx-test-dev:/ 或者 health restore archive 123456 -d /# 返回结果如下 restore archive 123456 successfully! 恢复归档数据到test-folder health restore archive 123456 -d test-folder/# 返回结果如下 restore archive 123456 successfully!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 查看归档列表 health get archive -l 2 -o 3# 返回结果如下Name Region ID Type Size Operator Start Time End Time Archive Days Storage Typengs region01 c51ac7df-56a2-4b1c-b654-71103edfc630 manual 13.17GB ei_eihealth_02 2022-12-23 18:15:01 2022-12-23 18:16:02 20 COLDfsfss region01 fe67eeaf-68e6-4ed5-9245-a48340a9efba manual 282.60KB ei_eihealth_02 2022-11-25 16:24:26 2022-11-25 16:24:36 48 STANDARD 获取指定归档详情 health get archive id-123455677# 返回结果如下{ "id": "c51ac7df-56a2-4b1c-b654-71103edfc630", "name": "ngs", "type": "manual", "region": "region01", "paths": [ "NGS-small/" ], "start_time": "2022-12-23T10:15:01Z", "end_time": "2022-12-23T10:16:02Z", "archive_days": 20, "size": 14144732346, "description": "", "operator_name": "ei_eihealth_02", "storage_type": "COLD"} 获取指定归档的全部数据清单 health get archive id-123455677 --data-list# 返回结果如下asset/demo01/test01.pdbasset/demo01/test02.pdbasset/demo01/test03.pdbasset/demo01/test04.pdbasset/demo01/test05.pdb

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 从医疗项目中引用数据 health import data eihealth-project-name:/path1/# 返回结果如下reference data successfully! 从外部桶中引用数据 health import data OBS:obs-buckt-name:/path1/# 返回结果如下reference data successfully! 从外部并行文件系统中引用数据 health import data OBSFS:obsfs-buckt-name:/path1/# 返回结果如下reference data successfully! 执行上述三个命令成功后，项目根目录层级显示如下： ├─lmx-test-project # 本项目名称│ ├─path1 │ ├─path2│ ├─.....├─eihealth-project-name # 引用的项目名│ ├─path1 # 引用的项目的源路径├─OBS:obs-bucket-name # 引用的外部桶名│ ├─path1 # 引用的外部桶的源路径├─OBSFS:obsfs-bucket-name:# 引用的外部并行系统名称│ ├─path1# 引用的外部并行系统的源路径 导入网络数据 Windows： health import data https://eihealth-lmx-test-01-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test1.csv? https://eihealth-lmx-test-02-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test2.csv path/ --md5=your-md5-value1;your-md5-value2# 返回结果如下import data form network successfully! the result import path is xxxx. Linux： ./health import data https://eihealth-lmx-test-01-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test1.csv? https://eihealth-lmx-test-02-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test2.csv path/ --md5=your-md5-value1;your-md5-value2# 返回结果如下import data form network successfully! the result import path is xxxx.

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程。 health create backup h-test2 --path lmx-test-data/ -s COLD --description test# 返回结果如下create archive h-test2 successfully! Linux和macOS使用时，多个路径使用;进行分隔，整个路径使用''引起。例如： ./health create archive lmx-test-cli --path 'newjob/;output/'

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 执行以下命令，删除项目demo-project。 health delete project demo-project# 执行命令后，二次确认输入要删除的项目Are you sure to delete the project, please input the project name to be deleted again to confirm:demo-project# 再次手动输入要删除的项目，返回结果如下delete project successfully! The project will retain for seven days and you can restore it before perform a real delete.

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health update member demo-user --project demo-project --role Viewer# 执行成功返回结果如下modify the role of member demo-user to Viewer successfully!

获取AK/SK AK/SK（Access Key ID/Secret Access Key）即访问密钥，包含访问密钥ID（AK）和秘密访问密钥（SK）两部分，华为云通过AK识别用户的身份，通过SK对请求数据进行签名验证，用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台，鼠标指向页面右上角的用户名，在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”，按操作指引获取认证帐号的AK/SK，请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。 为保证访问密钥的安全，访问密钥仅在初次生成时自动下载，后续不可再次通过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。

步骤4：查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。配置信息导入后，即可查询命令行工具支持的操作，并执行相关命令，使用 EIHealth 平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 执行操作命令，获取项目信息。 执行health get project命令查询当前帐号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令时，需先使用switch命令进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致，进入项目，再对项目内的数据等内容进行操作。 命令行的参数缩写支持合并使用，例如，-r -s 可以写成-rs。 父主题： 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit

命令示例 更新项目描述和标签信息。 health update project demo-project --description description --tags 'a;b;c'# 执行成功返回结果如下edit project successfully! 修改项目级数据权限策略。 health update project demo-project --policy 1111# 执行成功返回结果如下edit project successfully! 修改项目状态为ACTIVE。 health update project demo-project --status ACTIVE# 执行成功返回结果如下edit project successfully!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get message --limit 5# 执行成功返回结果如下Resource Name Resource Type Message Type Project Name Status Operator Operated lmx-project-01 system PROJECT_DELETE xxx SUCCEED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27lmx-job-01 job JOB_STATUS xxx CANCELLED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27lmx-database-01 data DATABASE_IMPORT xxx PRO CES SING lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27lmx-data-01 data SUBSCRIBE_DATA xxx FAILED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27lmx-data-02 data DELETE_DATA xxx SUCCEED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 设置供应商名称 health edit vendor-config --name xxx1 --log /root/demo/logo.png# 执行成功返回结果如下set vendor name to xxx1 successfully! 设置供应商图标 health edit vendor-config --log /root/demo/logo.png# 执行成功返回结果如下set vendor logo successfully!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health add member demo-user --project demo-project --role Developer# 执行成功返回结果如下add member demo-user to project demo-project successfully!

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 执行如下命令，创建项目。 health create project demo-project -d description -t 'tag1;tag2;tag3' -p 0101# 执行成功返回结果如下create project successfully! project id is xxx.

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 获取数据库实例列表 health get db instance# 返回结果如下Database ID Template Source Project Creator Number of Records Created Modified demo-01 xxx template1 project-01 EIHealth 1234 xxx xxx demo-02 xxx template1 project-02 EIHealth 347 xxx xxx 获取模板详情 health get db instance 12345# 返回结果如下{ "id": "xxxx", "name": "job-1622803262953", "description": "database instance for drug screening, do not delete", "template": { "id": "xxxx", "name": "job-1622803262953-d69d2162", "description": "template for drug screening, study name is study-rbqr5mvgrqm086kz, job name is job-1622803262953", "source_project_name": "drug-screening-demo-01", "source_project_id": "xxxx", "source_template_id": "", "creator": "ei_eihealth_02", "columns": [ { "name": "drugs", "type": "String", "description": "The name of the drug", "nullable": false, "primary": true, "searchable": true, "unique": true, "tips": "" }, { "name": "Nsp10_6zct_pure", "type": "Double", "description": "The binding energy between the ligand and receptor", "nullable": true, "primary": false, "searchable": false, "unique": false, "tips": "" }, { "name": "NSP13_pure", "type": "Double", "description": "The binding energy between the ligand and receptor", "nullable": true, "primary": false, "searchable": false, "unique": false, "tips": "" }, { "name": "Average", "type": "Double", "description": "The average of the binding energy", "nullable": false, "primary": false, "searchable": false, "unique": false, "tips": "" }, { "name": "Standard_Deviation", "type": "Double", "description": "The standard deviation of the binding energy", "nullable": true, "primary": false, "searchable": false, "unique": false, "tips": "" } ], "create_time": "2021-06-04T10:41:32Z", "primary_key": "drugs", "is_prefab": false }, "creator": "ei_eihealth_02", "create_time": "2021-06-04T10:43:25Z", "update_time": "2021-06-04T10:43:26Z", "data_count": 2, "source_project_name": "drug-screening-demo-01", "source_project_id": "xxxx", "source_id": "", "is_prefab": false} 查询数据 health get db instance 12345 --data --limit 2# 返回结果如下drugs nsp3 mpro average standard_deviation _row_numPyridoxal-phosphate -5.1 -4.7 -4.9 0.2 8496Tetrahydrofolic-acid -7.8 -8.3 -8.05 0.25 8495 按列查询数据 health get db instance 12345 --data --limit 2 --columns drugs;nsp3;mpro# 返回结果如下drugs nsp3 mpro _row_numPyridoxal-phosphate -5.1 -4.7 8496 Tetrahydrofolic-acid -7.8 -8.3 8495

命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 引用单个数据库实例 health import db instance 12345 --project demo-project# 返回结果如下reference database finished! result is:[ { "source_project_id": "879d952e-93c6-4b09-.....", "source_database_id": "5ea7d345-d1b4-4520-.....", "destination_database_id": "a94e72de-1305-4cc5-.....", "destination_database_name": "test001", "failed_reason": "", "status": "success" }] 引用多个数据库实例 health import database instance 12345;123333;56777 --project demo-project # 返回结果如下reference database finished! result is:[ { "source_project_id": "879d952e-93c6-4b09-aee6-....", "source_database_id": "e06f784f-c561-4323-92cd-....", "destination_database_id": "0589ab48-d685-483f-92b7-....", "destination_database_name": "test003", "failed_reason": "", "status": "success" }, { "source_project_id": "879d952e-93c6-4b09-aee6-c5cf....", "source_database_id": "cac4cfb9-0160-4221-b7c4-092f3da8....", "destination_database_id": "a1d7b16f-92b7-4344-a74d-e9eb0abe....", "destination_database_name": "test002", "failed_reason": "", "status": "success" }] 导入数据到指定数据库 health import database instance 12345 --skip-lines 1 --delimiter \t --files project-01:/test1.txt;project-01:/test2/txt# 返回结果如下import data to database successfully!

命令示例 假设当前所在项目为lmx-project-01，命令及返回结果示例： 删除其他项目lmx-project-02的导入镜像tag。 health docker rmi lmx-project-02/demo-image:v1.1# 执行成功返回结果如下untagged:lmx-project-02/demo-image:v1.1 删除资产市场订阅的镜像tag。 health docker rmi [AssetMarket]/demo-image:v1.1# 执行成功返回结果如下untagged:[AssetMarket]/demo-image:v1.1 删除本项目的私有镜像tag，可不填源项目名。 health docker rmi demo-image:v1.1 或 health docker rmi lmx-project-01/demo-image:v1.1# 执行成功返回结果如下untagged:lmx-project-01/demo-image:v1.1

命令示例 Linux ./health docker update lmx-project-01/demo-image --type APP --description 'this is a demo' Windows health docker update lmx-project-01/demo-image --type APP --description "this is a demo" 不填写项目名时，若当前所在项目是lmx-test-01，则执行如下命令后会更新当前项目中源项目为lmx-test-01的镜像demo-image的类型。 health docker update demo-image --type APP --chip ARM# 执行成功返回结果如下update image successfully!