华为云用户手册

创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选支持使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。该流程可以实现以下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。 对配体分子进行注释，包括DrugBank编号、分类、化学式、X LOG P3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 使用步骤如下所示。 在“资产市场”中订阅版本为1.0.0“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签，单击“新建研究”。 填写任务的基本信息，包括选择任务所属项目，研究的名称和描述。 图1 基本信息 选择配体分子和受体蛋白。 作业名称：自定义名称。 类型：选择小分子化合物。 流程：选择从资产市场中订阅的“Docking Summary”流程。 配体分子：配体分子文件，支持SMILES、3D SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白：受体蛋白文件，支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时，保存格式为.txt。 相对路径：流程运行完成后，会按照流程子任务的名称生成数据文件，相对路径指按照哪个数据路径中的结果文件生成数据库。 对于“Docking Summary”流程，包含5个子任务，默认在task-5-docking summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt：将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf：将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt：将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w：分子对接。 task-5-docking summary：汇总分子对接结果。 图3 数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后，单击“提交”，执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务，单击图标，允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败”的任务，单击图标，允许修改任务参数，再次提交任务。 图5 运行状态

打开JupyterLab 选择状态为“运行中”的Notebook实例，单击“操作”列的“打开”访问Notebook。 单击右上角的“Open JupyterLab”，可直接打开此Notebook实例对应的JupyterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后，自动打开Launcher页面，如下图所示。您可以使用开源支持的所有功能，详细操作指导可参见JupyterLab官网文档。 图2 JupyterLab主页

查看执行状态 您可以通过单击作业名称，进入详情页面，查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮，在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用；在作业的子任务中可以查看日志、事件；在事件页签，可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业，则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业，鼠标指向作业状态，在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。同时，使用不同颜色提示执行状态，特别是对于由多个应用构成的分析作业，通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色：运行成功。 红色：运行失败。 蓝色：等待运行。 灰色：被取消运行。 蓝色圆圈：运行中。 作业运行的时间，可以通过“概述”列的进度条进行查看。进度条中的颜色与应用状态颜色对应。单击进度条中的颜色块，可以展开并查看应用的运行日志，最多可以显示5000条日志。 分析作业创建后，可以通过“事件”查看容器执行该作业时的动作和状态，单击图标，展开“事件”。 图1 作业详情 如果作业显示运行正常，但实际作业中的某一个应用运行失败，请检查输入数据是否正常，并修改算法程序入口的main函数，保证运行结果有显式的返回值。 故障说明 作业运行时，每个应用称之为一个任务（Task）。部分场景下，任务输入数据异常，实际作业运行失败，但界面显示运行正常。 作业中子任务没有返回正确的值，但是容器仍正常退出return 0，此时判定为子任务已正确执行。 实际上作业的子任务对应的就是K8S中的一个Pod，其返回状态就是Pod的phase映射，即容器以非0状态退出或者被系统终止会算作失败；容器return 0并且不再重启即算成功。详细内容介绍请参见Pod的生命周期。 处理建议 所有的算法程序的入口main函数都显式的给出返回值，即正确执行则return 0。其他异常场景return其他数值或者抛出异常，并输出相关日志。 # python def funcA(): try: doSomething(); except: log.print("An exception occurred, xxxxx"); raise 自定义异常; def funcB(): result = doSomething(); return result; if __name__ == '__main__': funcA(); result = funcB(); if result: sys.exit(1); else: sys.exit(0); # c++ int main(){ int result = doSomething(); if(result != 0){ return -1; } else{ return 0; } }

OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图 通过OBS同步数据所示。 图2 通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套 EIHealth 平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。

设置消息发送邮箱 通过设置邮箱，发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”，设置邮件配置。 服务器地址：邮箱开通SMTP功能时的服务器地址，不同邮箱开通SMTP方式不同，请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址：填写邮箱地址，用于发送EIHealth平台的 消息通知 。 用户名：邮箱的用户名，如果未修改过，默认为邮箱地址。 密码：邮箱开通SMTP功能时生成的一段随机字符。 消息头：发送邮件时，邮件标题。 语言：选择中文或英文。 删除邮箱后，将不再发送邮件通知。 图1 邮件配置 邮箱配置完成后，单击“测试”，验证配置是否有误。配置成功后将在邮箱中收到测试通知。 图2 邮箱测试通知 收到邮箱测试通知后，单击“更新”，完成邮箱设置。

设置邮箱接收消息范围 在平台右上角用户名中选择“个人设置”，进入邮箱消息通知设置页面。设置邮箱消息的接收范围和接收类型。 接收范围 仅自己接收操作：自己所执行的操作。如果选择此项，接收类型默认全选。 全部接收：自己有权限访问的项目中产生的操作，包含自己和其他项目成员所执行的操作。默认为全部接收。 不接收：不接收操作通知。 接收类型 数据操作：数据的复制、删除、导入等异步操作通知。 作业进度：分析作业开始执行、执行成功通知。 系统消息：项目删除、内存使用量告警、消息清理通知。 图3 消息通知 邮箱中接收到的消息通知如图4所示。 图4 邮箱消息通知

步骤4：使用AutoGenome Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码，您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。 以“pbmc_res_vae.ipynb”为例，用户可以打开相应的代码集，直接运行该Notebook，也可以调整代码集中的代码，进行二次开发。 图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段，在模型搜索阶段，根据json文件中的配置参数，对于选定的模型参数会训练一定步数，搜索得到较好结果的参数进行后续训练。训练过程中可选择在验证数据集上进行评估，评估结果更好的模型参数将会保留。 提取降维之后数据：完成模型训练后，生成降维后的结果数据。 当您在运行AutoGenome示例出现“Warning：restart the kernel and run the notebook again！”时，请单击Notebook工具栏中的按钮，重启Notebook环境，并重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。 图3 Upload上传数据

步骤3：预览AutoGenome案例 打开创建的Notebook。 在Notebook的根目录下的“AutoGenome-Examples”文件夹中，包含使用AutoGenome进行分析的示例，可供参考。 图1 AutoGenome-Examples 表2 AutoGenome示例 示例名称 说明 single_cell_rfcn_densenet.ipynb 基于RFCN-DenseNet和表达谱对单细胞发育时期进行分类。 pbmc_res_vae.ipynb 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维。

预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据库和药物配体注释信息数据库，并提供对应的数据库模板。您可以在“数据库”页签单击“shennongProject-database”和“ligandAnnotation-database”数据库查看数据库详情，在“模板”页签单击“shennongProject”和“ligandAnnotation”查看模板详情。 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 数据库呈现了新冠病毒靶点蛋白和药物的结合能信息。“神农项目”是抗疫期间 医疗智能体 团队联合多家科研单位，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、分类、化学式、SMILES结构式、标签和成药性相关的信息。 图3 药物配体注释信息数据库 图4 数据库模板

购买数据库 使用数据库功能前，需要先购买数据库，数据库只能购买一个。 在“数据库”页面，单击“购买数据库”。 选择“数据库规格”、“性能规格”、“磁盘加密”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图13 购买数据库 数据库规格：选择“标准版”。 性能规格：根据您的需求选择规格。 磁盘加密：选择加密后会提高数据安全性，但对数据库读写性能有少量影响，请按照您的使用策略进行选择。 计费模式：选择“包年包月”或“按需”计费。 购买时长：如果选择的“包年包月”计费，根据实际需求选择购买时长；如果选择的“按需”计费，无需选择购买时长。 勾选自动续费后，系统将在产品到期前自动续费，续费周期为一个月，无需用户再手动操作。 购买数量：1个，不可修改。 单击“立即购买”。 在确认购买弹窗中单击“确认”。

创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45，以小写字母数字开头结尾，全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目，不支持立即删除，会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期，到期后系统自动删除。 说明： 一旦设置为核心项目，不可变为非核心项目，非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略 数据保护策略介绍请参见数据控制与数据审计。 图1 创建项目 单击“确认”，创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限，同时项目可以分享给其他用户，并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制，同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。 父主题： 项目管理

购买计算资源 在“计算资源”页面，单击“购买计算资源”。 选择“可用区”、“计算规格”、“系统盘”、“数据盘”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图2 购买计算资源 可用区：选择可用区。 计算规格：分为通用计算增强型、内存优化型、BMS计算型、磁盘增强型、超大内存型、GPU加速型，根据需求选择类型，并勾选规格名称。 系统盘：40GB，不可修改。 数据盘：数据盘可用于在创建作业时，开启“本地盘加速”，默认100GB，可按使用需要进行扩增。 计费模式：选择“包年包月”或“按需”计费。 购买时长：如果选择的“包年包月”计费，根据实际需求选择购买时长；如果选择的“按需”计费，无需选择购买时长。 开通自动续费后，系统将在产品到期前自动续费，续费周期为一个月，无需用户再手动操作。 购买数量：设置购买数量，最多10个。 单击“立即购买”。 在确认购买弹窗中单击“确认”。 计算资源购买后，在操作列单击“更多”，可以执行开机、关机、重启、标签管理、调度设置操作。 图3 计算资源列表

管理数据库 数据库创建完成后，您可以对数据库内的数据执行编辑、删除、新增行操作。预制数据库和引用数据库不支持编辑、删除、新增行操作。 编辑 数据库创建完成后，单击数据库名称进入数据库详情页，在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”，修改数据。 编辑时，主键内容不能修改，编辑的值，需要对照数据库模板值进行填写。 对于空的数据库，编辑时，只允许新增行。 图1 编辑数据 修改完成后，单击“保存”。 删除 数据库创建完成后，单击数据库名称进入数据库详情页，在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要删除的数据行的操作列单击“删除”。 图2 删除数据 在删除弹窗中，单击“确定”。 新增行 数据库创建完成后，单击数据库名称进入数据库详情页，在页面左上角单击“新增行”按钮。 图3 新增行 在新增的数据行中，填写数据。 新增的行的数据请按照模板的格式填写。 填写完成后，单击“保存”。

欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台，助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本，开箱即用，随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务，将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）

自定义数据库 返回主页，单击“自定义数据库”进入界面，单击页面左上角的“创建数据库”，并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。 图1 创建数据库 名称：数据库名称。长度为5-32个字符，首位需小写英文字母开头，仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。最终租户下的所有用户数据库名称不能重名，可以和官方数据库名称重名，不区分大小写。目前支持的官方数据库有DrugBank、ZINC、TopSciense、DrugSpaceX。 描述：输入数据库描述，支持中英文，上限为1024个字符。 CSS 集群名称：选择已经绑定好的 CS S集群，将会在这个集群上构建数据库。 数据文件：输入数据库文件，仅支持CSV格式，文件不大于1G，数据条数支持最多5,000,000条，超过5,000,000条将进行截取。文件必须有两列是“SMILES”、“NAME”，不区分大小写。文件不允许有中文，数据库小分子会自动去重。 数据文件列名：选择数据库列名，仅解析前100个列名，支持选择12个列名保存到数据库。 组织共享： 如果关闭，则该数据库只能自己使用。 如果开启组织共享，则其他子用户也可以使用您的数据库进行分子搜索。 默认为关闭。 数据库列表展示数据库的名称、分子数量、创建时间、状态等信息。对于已创建的数据库，可以执行删除和追加数据操作。数据库状态介绍如下： 可用：数据库正常，可以进行分子搜索使用。 等待中：数据库创建任务正在等待。 创建失败：数据库创建失败。 创建中：数据库正在创建。 追加中：数据库正在追加，此时数据库可以正常使用，搜索的数据库是正在追加过程的数据库。 异常：数据库异常，可能是由于CSS到期、CSS密码改变、CSS资源解绑等问题导致数据库异常。 图2 删除数据库和追加数据 可以通过“追加数据”到数据库来增加数据条数。每次追加最多追加500万条数据。 图3 追加数据

购买CSS资源 登录CSS 云搜索服务 。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置：选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”，输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格：参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”，不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储：建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置：输入管理员密码，公网访问选择“自动绑定”，单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步：高级配置”，在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6 高级配置 确认配置，无误后单击“立即创建”，即可完成购买。 图7 确认配置 父主题： 准备工作

简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型，因此不用自己去写复杂的并行化的程序，只需要关注“数据流”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目，大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体（EIHealth）平台集成了Nextflow框架，支持用户直接在医疗智能体（EIHealth）平台安装Nextflow。 父主题： Nextflow

启动作业后作业一直处于已提交的状态 问题现象 作业投递后一直处于已提交的状态。 问题排查和解决方案 查看execution log， 若execution log为空，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log 提示K8S pod can‘t be scheduled，请根据日志信息扩容计算资源。 execution log提示can't lock file，重试或者克隆作业即可。 execution log提示java.text.ParseException: Unparseable date，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log提示其它因脚本语法的问题，请根据报错信息进行修改，若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。

创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称，选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符，包含数字、小写字母、下划线、中划线，且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后，不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”，创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限，同时项目可以分享给其他用户，并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制，同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。 父主题： 项目管理

引用数据 将其他项目或OBS桶中的数据，引用到本项目，不可在本项目中操作该数据。 单击“添加数据”，类型选择“引用”。 图3 引用数据 选择需要引用的项目以及项目中的数据，或者选择待引用的OBS桶路径，先选择OBS桶所在区域，再选择OBS桶名称，支持选择不在同一区域的OBS桶。 单击“确定”，引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS类型数据时，如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”，则将该数据引用过来后，该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据，并不可下载、归档。 引用外部OBS桶的数据时，在页面左侧数据栏中，将显示出完整的外部桶目录结构，对于非引用路径的数据，不支持数据归档操作。例如，桶中有文件，路径为a/b/c，引用c文件，c文件的父目录也会显示在左侧数据栏中，但目录a, 目录b 不支持数据归档。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、上传者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。

安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取：可以选择版本，目前支持选择的安装包版本v22.10.6，v22.10.0，v22.04.0。 上传安装包：用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式，您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。 图2 选择安装方式 单击“开始安装”。

创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面，单击左上角“创建用户”，进入“创建用户”页面。 填写用户信息，分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表 用户权限。 图2 必填信息 选填信息。选填信息包括“邮箱”、“国际电话区号”、“手机号码”、“用户资源配额”。 图3 选填信息 单击“确认”，完成子用户创建。 父主题： 用户管理

管理流程 流程创建成功后，您可以对流程进行编辑，删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程，单击操作列的“编辑”，进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改，您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程参数后的“下载”，可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题： Nextflow

作业管理简介 在作业中心页面，可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面，以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业，支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间和完成时间进行快速搜索。也可以根据创建时间顺序、总时间顺序、总时长顺序、完成时间顺序等进行排序。 图1 作业中心 父主题： 作业管理

作业状态 运行中：作业创建成功，执行中。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败：作业运行失败。可单击作业名称，进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功：作业运行成功。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。 已提交：作业创建成功，但未运行。已提交的作业允许取消、克隆。 已取消：取消已提交或者运行中的作业。已取消的作业允许重试、删除、克隆。

查看项目详情 项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息，您可以通过以下两种方式查看项目信息。 查看项目概览 单击项目名称左侧图标，或双击项目行中的空白处，展开项目概览页面。您可以在该页面查看项目的描述、标签、创建时间、更新时间、是否核心项目、数据大小和成员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称，进入项目“设置”页面。您可以在该页面，查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量，修改项目是否核心项目。 同时，可以查看项目的基本信息、数据控制信息和成员信息。 图4 项目详细信息

项目状态 可用：项目当前状态正常。项目创建完成后进入“可用”状态，可用状态的项目允许被冻结、删除、转移和分享，执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结：项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中：项目删除中。需先冻结项目，才能执行删除操作。删除的核心项目，将进入“待删除项目”列表中。待删除项目会保留7天，6天内您可以将项目恢复成可用状态，最后一天不支持恢复。7天后，项目将自动删除，删除后不可恢复。非核心项目支持立即删除。 图5 项目状态

流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。 单击参数名称，可查看参数的详细信息。 单击输入参数图标，可指定输入数据路径。输出数据路径在新建流程和运行分析作业时可指定。

新建流程 单击“新建流程”，进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具，详细介绍请参见流程设计器。新建流程时，自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息，填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数，包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项，其他参数可选填。 图2 流程参数 填写“超时时间”、“输出路径”。 为可选参数，基于流程创建分析作业时，该参数可重新定义。 “超时时间”指作业运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟，即作业运行至多100天。 “输出路径”指运行分析作业时的输出结果存放路径。 例如，gene-assets项目中的output文件夹，输出路径格式为/gene-assets/output。 图3 流程参数 将左侧应用列表中的应用，拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程，通过连接线指定输入、输出关系进行链接。 鼠标移动至应用中，会出现一个“空心圆”，拖动“空心圆”，将连接线移动到目标应用上。 图4 搭建流程 只有当应用的输入、输出参数类型相同时，才可以进行连接。例如，将app1和app2连接接起来，app1的输出，app2的输入均为file类型。 单击应用图标，弹出编辑、删除、复制图标，可对应用执行相应操作。 图5 编辑应用 单击按钮，进入参数设置页面，可查看修改参数。 名称：应用的原始名称。 版本：应用版本。 显示名称：应用在流程中的显示名称，可修改。 镜像启动命令：镜像启动的命令。可在右上角放大查看，在右下角下拉查看。 源项目：显示应用隶属的项目。 输入参数：由用户在创建应用时定义。 输出路径：输出数据的存放路径，可修改。 高级参数：CPU需求、Memory需求、GPU类型、GPU需求，请按照使用需求进行设置；CPU架构、计算节点标签，不可修改。GPU包含NAIDIA架构GPU和自研的D310+ARM。选择GPU资源时，需要您在购买平台时包含了GPU资源，并且需要应用支持GPU运行。选择D310+ARM时，需要应用支持ARM环境运行，并在创建应用时，镜像系统为ARM类系统。 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），在编排流程时，如果“输出路径”修改为空，实际作业输出结果依然默认存在该路径。最终输出结果路径按照“流程输出路径/作业名称-UUID/Task输出路径/应用输出路径”规则生成。 单击界面上方按钮，保存流程。并提示“流程保存成功”。 创建好的流程，将显示在流程列表中。

如何查看TaurusDB标准版数据库的连接情况 您可以通过以下任意一种方式查看TaurusDB标准版数据库的连接情况： 在TaurusDB标准版实例上以管理员账户root执行以下命令，查看当前实例上正在运行的线程。 show full processlist; Id：线程ID标识，可通过kill id终止语句。 User：当前连接用户。 Host：显示这个连接从哪个IP的哪个端口上发出。 db：数据库名。 Command：连接状态，一般是sleep（休眠），query（查询），connect（连接）。 Time：连接持续时间，单位是秒。 State：显示当前SQL语句的状态。 Info：显示这个SQL语句。 Memory_used：当前连接的内存使用量。 Memory_used_by_query：当前Query的内存使用量。 CPU_time：显示当前连接已经建立的时间（针对最新小版本，5.6版本此列信息有实际的取值，5.7和8.0版本此列信息未采集）。 Trx_executed_time：显示当前事务的执行时间。 在实例管理页面单击“查看监控指标”，进入指标信息页面。 查看“数据库总连接数”指标，一般情况下，主备节点会占用2个连接，除此之外的连接为当前实例有用户在连接使用。 父主题： 数据库连接