华为云用户手册

响应参数 状态码： 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 css_clusters Array of TermTenantCssClusterDto objects 最终租户 CSS 集群列表。 count Integer 最终租户css集群总数。 表5 TermTenantCssClusterDto 参数 参数类型 描述 css_id String css集群id。 name String css集群名称。 is_active Boolean 集群是否可用。

URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限， 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5

请求示例 创建分子搜索作业，作业名称为demo-job，分子SMILES表达式为string,从数据库中找到最相似top100的分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "smiles" : "string", "top_n" : 100, "databases" : [ "databaseA", "databaseB" ], "custom_databases" : [ "custom_databaseA_id", "custom_databaseB_id" ], "model_ids" : [ "model_id" ], "search_method" : [ "ECFP_4" ] }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 scaffold 否 String 分子骨架表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 top_n 否 Integer 最相似的top_n个。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 search_method 否 String 分子搜索方法。 枚举值： ECFP_4 SCAFFOLD 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 task_id 是 String 下载任务ID。 最小长度：1 最大长度：128

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 css_id 是 String 集群id。 最小长度：1 最大长度：128 user_name 是 String 集群用户账号。 最小长度：4 最大长度：32 user_pwd 是 String 集群用户密码，长度限制为[8,32]。 最小长度：8 最大长度：32

请求示例 测试 CS S资源连通性，选择id为2f042ad4-6aca-11ed-b7f6-fa163e504fdd的CSS资源，集群管理员为admin，密码为user_pwd。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug/css-clusters { "css_id" : "2f042ad4-6aca-11ed-b7f6-fa163e504fdd", "user_name" : "admin", "user_pwd" : "user_pwd" }

请求示例 创建数据库，数据库名称为database_name，选择css集群，上传项目桶中file/test.csv的数据库数据，设置列名为SMILES和NAME，打开共享开关。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug/drug-database { "name" : "database_name", "css_id" : "2f042ad4-6aca-11ed-b7f6-fa163e504fdd", "description" : "simple database", "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/file/test.csv", "eihealth_project_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" }, "columns" : [ "SMILES", "NAME" ], "shareable" : true }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 数据库名称，长度为5-32个字符，首位需以小写英文字母开头，仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。 最小长度：5 最大长度：32 description 否 String 数据库描述。 最小长度：0 最大长度：1024 css_id 是 String css集群id。 最小长度：1 最大长度：128 file 是 DatabaseFile object 数据库文件。 columns 是 Array of strings 数据文件列名。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：2 - 12 shareable 否 Boolean 是否打开组织共享。 缺省值：false 表4 DatabaseFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 数据库文件来源。 枚举值： public private url 是 String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 eihealth_project_id 否 String 数据库文件所在项目id，仅文件为数据中心时填写。 最小长度：1 最大长度：128

请求示例 创建分子或分子复合物批量下载任务。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch_download { "job_id" : "1296790078dbc", "mode" : "MOL", "selected" : [ 1, 3, 5, 7 ], "job_result_url" : "ch-test:/job-results/docking/Molecule Docking-20230825-conformation-test-8f8a/result.json" }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 job_id 是 String 作业ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_result_url 是 String 作业结果文件url。 最小长度：1 最大长度：2000 mode 是 String 下载类型：MOL（小分子）、COMPLEX（复合物）。 最小长度：3 最大长度：7 selected 是 Array of integers 选中下载的分子下标。 最小值：0 最大值：1000000 数组长度：1 - 10000

URI GET /v1/{project_id}/drug/css-clusters 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000]。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000]。 最小值：0 最大值：100000000 缺省值：0

响应参数 状态码： 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 css_clusters Array of CssClusterDto objects CSS集群列表。 count Integer css集群总数。 表5 CssClusterDto 参数 参数类型 描述 id String 已绑定的集群id。 name String css集群名称。 storage Integer css集群总存储。 import_time String css集群导入时间。

响应示例 状态码： 200 OK { "count" : 1, "css_clusters" : [ { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "css_name", "storage" : 40, "import_time" : "2024-01-01T14:25:50Z" } ] }

导入用户 EIHealth 平台支持把华为云的 IAM 子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户，增加用户使用的便捷度，方便用户维护账号。 IAM用户导入只支持使用Domain用户导入。 使用管理员账户登录 医疗智能体 平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面，单击“导入用户”，进入“导入用户”页面。 在导入用户页面，可以选择“用户”或者“用户组”进行导入。 图2 导入用户 导入的IAM子用户需要具有管理控制台访问方式。 导入用户时不能超出配额。如果超出配额，进行配额调整后，5分钟后生效。 以用户组的方式导入时，若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时，用户组里已经导入到平台的用户，不算统计个数。例如，用户组A里50个用户，10个已经导入平台， 那么统计时，只会显示已选择40个用户。 IAM平台限制一个IAM用户不能加入超过10个用户组，而导入时还会再加入医疗用户组。如果IAM用户在导入平台之前就已经加入了10个用户组，则导入的时候会失败。 用户数统计时会去重。例如，用户组A有50个用户， 用户组B里有50个用，两者之间有10个用户重复，那么同时选择用户组A和B，统计时显示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常，需联系技术支持处理。 单击“下一步”，设置角色。 角色：支持管理员和操作员两种角色，默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额：设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后，单击“确定”。 等待导入成功后，单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户，不支持删除，只支持移除，移除后不影响该用户操作其他服务。 图3 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限，若该用户加入的其他IAM用户组有对应的deny权限，则会影响平台部分功能使用。 { "Version": "1.1", "Statement": [ { "Effect": "Allow", "Action": [ "obs:bucket:GetBucketLocation", "obs:bucket:ListBucketMultipartUploads", "obs:object:GetObjectVersion", "obs:object:GetObject", "obs:object:GetObjectVersionAcl", "obs:object:DeleteObject", "obs:object:ListMultipartUploadParts", "obs:bucket:HeadBucket", "obs:object:AbortMultipartUpload", "obs:object:DeleteObjectVersion", "obs:object:GetObjectAcl", "obs:bucket:ListAllMyBuckets", "obs:bucket:ListBucket", "obs:object:PutObject" ] } ] } 父主题： 用户管理

聚类分析 目前分子优化返回的结果小分子数较多，无法进行批量分析，通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证，提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架，来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后，系统开始进行分析，同时显示“聚类分析中”。 图15 聚类分析 待聚类分析完成后，单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 在聚类结果页面，可以查看每个聚类的分子数量等信息。 图16 查看聚类结果 单击某个聚类的操作列的“查看详情”，即可进入聚类详情页面，聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面，用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件，如果文件被删或者获取不到的话会有警告， 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败，根据提示失败原因解决问题后，可单击“重新聚类分析”。

Dockerfile基本语法 FROM 指定待扩展的父级镜像(基础镜像)。除了注释以外，在文件的开头必须是一个FROM指令，后面的指令便在这个父级镜像的环境中运行，直到遇到下一个FROM指令。通过添加多个FROM命令，可以在同一个Dockerefile文件中创建多个镜像。 MAINTAINER 声明创建镜像的作者信息：用户名、邮箱，非必须参数。 RUN 用来修改镜像的命令，常用来安装库、程序以及配置程序。一条RUN指令执行完毕后，会在当前镜像上创建一个新的镜像层，接下来的指令会在新的镜像上继续执行。 RUN 语句具有以下形式。 RUN yum update：在/bin/sh路径中执行的指令命令。 RUN ["yum", "update"]：直接使用系统调用exec来执行。 RUN yum update && yum install nginx：使用&&符号将多条命令连接在同一条RUN语句中。 EXPOSE 用来指明容器内进程对外开放的端口，多个端口之间使用空格隔开。运行容器时，通过参数-P(大写)即可将EXPOSE里所指定的端口映射到主机上另外的随机端口，其他容器或主机就可以通过映射后的端口与此容器通信。您也可以通过-p(小写)参数将Dockerfile中EXPOSE中没有列出的端口设置成公开的。 COPY 将本地的文件或目录复制到镜像中。 ADD 向新镜像中添加文件，这个文件可以是主机文件、网络文件或文件夹。 第一个参数：源文件（夹）。 如果是相对路径，必须是相对于Dockerfile所在目录的相对路径。 如果是URL，会将文件先下载下来，然后再添加到镜像里。 第二个参数：目标路径。 如果源文件是主机上的zip或者tar形式的压缩文件，Docker会先解压缩，然后将文件添加到镜像的指定位置。 如果源文件是一个通过URL指定的网络压缩文件，则不会解压。 VOLUME 在镜像里创建一个指定路径(文件或文件夹)的挂载点，这个容器可以来自主机或者其它容器。多个容器可以通过同一个挂载点共享数据，即便其中一个容器已经停止，挂载点也仍然可以访问。 WORKDIR 为接下来执行的指令指定一个新的工作目录，这个目录可以使绝对目录，也可以是相对目录。根据需要，WORKDIR可以被多次指定。当启动一个容器时，最后一条WORKDIR指令所指的目录将作为容器运行的当前工作目录。 ENV 设置容器运行的环境变量。在运行容器的时候，通过设置-e参数可以修改这个环境变量值，也可以添加新的环境变量。 例如： docker run -e WEBAPP_PORT=8000 -e WEBAPP_HOST=www.example.com ... CMD 用来设置启动容器时默认运行的命令。 ENTRYPOINT 用来指定容器启动时的默认运行的命令，与CMD类似。区别在于：运行容器时添加在镜像之后的参数，对ENTRYPOINT是拼接，CMD是覆盖。 若在DockerFile中指定了容器启动时的默认运行命令为ls -l，则运行容器时默认启动命令为ls -l。 ENTRYPOINT [ "ls", "-l"]：指定容器启动时的程序及参数为ls -l。 docker run centos：当运行centos容器时，默认执行的命令是docker run centos ls -l。 docker run centos -a：当运行centos容器时拼接了-a参数，则默认运行的命令是docker run centos ls -l -a。 若在DockerFile中指定了容器启动时的默认运行命令为--entrypoint，则在运行容器时若需要替换默认运行命令，可以通过添加--entrypoint参数来替换Dockerfile中的指定。 docker run gutianlangyu/test --entrypoint echo "hello world" USER 为容器的运行及RUN、CMD、ENTRYPOINT等指令的运行指定用户或UID。 ONBUILD 触发器指令。构建镜像时，Docker的镜像构建器会将所有的ONBUILD指令指定的命令保存到镜像的元数据中，这些命令在当前镜像的构建过程中并不会执行。只有新的镜像使用FROM指令指定父镜像为当前镜像时，才会触发执行。 使用FROM以这个Dockerfile构建出的镜像为父镜像，构建子镜像时： ONBUILD ADD . /app/src：自动执行ADD . /app/src

快照方式制作镜像 如果后续镜像没有变化，可通过快照方式制作镜像。 快照方式制作镜像示例： 本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器，并进入容器。 例如，启动一个CentOS容器。 docker run -it centos 安装依赖包。 yum -y install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-8.noarch.rpm yum -y install git yum -y install gcc automake autoconf libtool make yum install -y zlib zlib-devel 安装bwa软件，在github上下载bwa的源代码，并使用make编译。 yum install bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa;make 请预先安装好Git，并检查本机是否有ssh key设置。 输入exit退出容器。 查询容器id。 docker ps -a 制作快照。 docker commit -m "xx" -a "tsj" container-id tsj/image:tag 例如：docker commit -m "test" -a "username" adb1127979a1 bwa:v0.7 -a：提交的镜像作者，例如tsj。 container-id：容器id。 -m：提交时的说明文字，例如xx。 tsj/image:tag：仓库名/镜像名:TAG名，名称可自定义。 执行docker images命令查看制作完成的Docker镜像。

SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的分子结构与分子行为。SPONGE（Simulation Package tOward Next GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。

流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于项目中。同时，您也可以通过“导入流程”的方法，将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。 创建好的流程显示在流程列表中，您可以基于这些流程创建分析作业。 详细的流程创建和运行请参见新建流程。

应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装，应用可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中，查看隶属于该项目的应用，也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用 应用是生物信息学软件的镜像封装，您可以制作软件镜像并上传至平台，并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分，隶属于不同项目的应用，可以通过“导入应用”的方法，导入至自己的项目中使用。

镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用 容器镜像服务 （Software Repository for Container，简称SWR）进行简单易用、安全可靠的镜像管理。

创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称，选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符，包含数字、小写字母、下划线、中划线，且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后，不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”，创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限，同时项目可以分享给其他用户，并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制，同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。 父主题： 项目管理

自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“立即使用”，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规划路径，选择参考配体后系统自动计算，用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“下一步”，选择配体对。 页面显示：正在规划自动路径，您也可以直接选择配体对后进行下一步。 待计算路径：选择待计算的路径。待计算路径起点是中心配体名称，终点是其他配体的名称。在相似度计算完成之前默认未勾选。您也可以添加路径或者重置路径。添加路径和重置路径可以通过单击右边的“添加路径”或者“重置”进行操作。添加路径也可以在左侧微扰图中直接通过两个分子之间进行连线添加。可以在微扰图中单击某条待计算路径上的，删除该条待计算路径。 图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对 返回相似度后默认全勾选，您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径，如果未勾选，则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前，您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”，进入FEP设置页面，设置相关参数。 时间步长：默认值：0.002，取值范围：0.001 ≤ dt ≤ 0.005，单位：ps。分子动力学模拟的步长，建议不超过0.002ps，步长越大，越难收敛。 预平衡时长：默认值：100ps，取值范围：0-200ps。对体系进行预平衡模拟，使体系温度、压强、密度等达到平衡状态。预平衡模拟时长=预平衡步数×时间步长。时长增加，作业运行时间延长。 平衡时长：默认值：1ns，取值范围：0-10ns。平衡阶段的模拟，用于自由能微扰计算。平衡模拟时长=时间步长×平衡步数/1000，单位为ns。时长增加，作业运行时间延长。 λ个数：默认值20，输入范围为2-30。自由能微扰的窗口数量。 名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：每一对会消耗一次功能调用，因此计算几条路线就显示调用几次。 图5 设置FEP参数 单击“提交”，可在作业中心查看该作业的运行情况。 查看运行结果。 输出每对配体的相对结合自由能、分子图、相似性等。也可以单击右边“查看轨迹”，下载运动轨迹。结果页面支持Pair和Ligand两种查看方式。 也可以下载输出结果文件包含小分子的基本信息和属性。 下载操作将会产生流量费用，具体可参考计费说明。 图6 查看结果（1） 图7 查看结果（2） 图8 查看结果（3） 单击查看全部展示收敛性分析、 RMS F和RMSD结果。 图9 查看结果（4） 单击查看轨迹预览轨迹动图。 图10 查看结果（5） 父主题： 分子动力学模拟

分布（Distribution） PPB： Plasma protein binding，血浆蛋白结合度。结合度的多少会影响药物的渗透情况。 结果解释：结合度小于90%比较合适。 VD： Volume Distribution，体积分布，单位为L/kg。 结果解释：VD值在0.04~20L/kg之间较好。 BBB Penetration： blood–brain barrier Penetration，血脑屏障。作用于中枢神经系统的药物需要穿过血脑屏障 (BBB) 才能达到其分子靶点。相反，对于具有外围靶点的药物，不需要BBB渗透以避免中枢神经系统副作用，单位为cm/s。logBB 大于-1为（BBB+）, logBB小于等于-1为（BBB-），数值在0~1之间。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。 Fu： The fraction unbound in plasms，未结合血清蛋白的比例。药物与血清蛋白的结合程度越高，渗透性越差。 结果解释：未结合比例大于等于5%效果较好。

环境毒性（Environmental Toxicity） Bioconcentration Factors： 生物浓缩系数（BFC）。生物体内某种化合物的浓度同水中该物质的浓度比值，单位为log10(L/kg)。 IGC50： 48 hour Tetrahymena pyriformis IGC50（50% Inhibition Growth Concentration），导致50% Tetrahymena pyriformis生长抑制，在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。 LC50FM： 96 hour fathead minnow LC50，导致50% fathead minnow死亡，在96小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。 LC50DM： 48 hour Daphnia magna LC50，导致50% Daphnia magna死亡，在48小时后的化学物质浓度。单位为−log10[(mg/L)/(1000*MW)]。

代谢（Metabolism） Metabolism 药物代谢反应过程可以分为两大类：第一阶段（氧化反应），第二阶段（共轭反应），人类细胞色素P450家族与第一阶段的氧化反应有关，其中1A2、3A4、2C9同工酶尤为重要，大部分集中在肝脏。0为非抑制剂/非基质，1为抑制剂/基质，数值范围在0~1之间。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。 CYP1A2 inhibitor 细胞色素P450 1A2亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。 CYP2C9 inhibitor 细胞色素P450 2C9亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。 结果解释：预测值的范围在0~1之间. CYP3A4 inhibitor 细胞色素P450 3A4亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。 CYP2C19 inhibitor 细胞色素P450 2C19亚型抑制剂，0为非抑制剂，1为抑制剂。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。