华为云用户手册

预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据库和药物配体注释信息数据库，并提供对应的数据库模板。您可以在“数据库”页签单击“shennongProject-database”和“ligandAnnotation-database”数据库查看数据库详情，在“模板”页签单击“shennongProject”和“ligandAnnotation”查看模板详情。 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 数据库呈现了新冠病毒靶点蛋白和药物的结合能信息。“神农项目”是抗疫期间 医疗智能体 团队联合多家科研单位，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、分类、化学式、SMILES结构式、标签和成药性相关的信息。 图3 药物配体注释信息数据库 图4 数据库模板

步骤3：制作并上传镜像 制作镜像。 【可选】根据网络情况，配置基础镜像中的PyPi Mirror，对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror，默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。 cat /root/.pip/pip.conf.product[global]index-url = http://repo.myhuaweicloud.com/repository/pypi/simpleformat = columns[install]trusted-host=repo.myhuaweicloud.com 安装所需软件。本例中使用cpu基础镜像，并安装化学分子格式转换工具Open Babel。 # 创建并进入Dockerfile文件vi Dockerfile# 编写Dockerfile文件，安装Open BabelFROM swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/eihealth-notebook/eihealth-notebook:cuda11.0-custom-v1.0.8RUN sudo apt-get updateRUN sudo apt-get install -y openbabel Dockerfile中不可以指定CMD以及ENTRYPOINT，否则会覆盖基础镜像启动脚本，引起异常。 按键盘Esc键，并执行:wq保存退出Dockerfile。 执行docker build -t image:tag .命令，自动完成镜像制作。 命令中image为镜像名称，tag为镜像标签，名称可自定义。 详细镜像制作过程请参见制作Docker镜像和Dockerfile参考。 上传镜像。 上传镜像。 在“项目管理”页面“镜像”页签中，中查看已上传的镜像。 在平台镜像管理列表中，将已上传的镜像分类为“NOTEBOOK”。

新建文件并打开Console Console的本质为Python终端，输入一条语句就会给出相应的输出，类似于Python原生的IDE。 进入JupyterLab主页后，可在“Notebook”区域下，选择适用的AI引擎，单击后将新建一个对应框架的Notebook文件。 由于每个Notebook实例选择的工作环境不同，其支持的AI框架也不同，下图仅为示例，请根据实际显示界面选择AI框架。 图5 选择AI引擎并新建一个Console 文件创建成功后，将直接呈现Console页面。 图6 新建文件（Console）

打开JupyterLab 选择状态为“运行中”的Notebook实例，单击“操作”列的“打开”访问Notebook。 单击右上角的“Open JupyterLab”，可直接打开此Notebook实例对应的JupyterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后，自动打开Launcher页面，如下图所示。您可以使用开源支持的所有功能，详细操作指导可参见JupyterLab官网文档。 图2 JupyterLab主页

步骤2：获取Notebook基础镜像 创建Notebook时所需的 自定义镜像 ，依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像，您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接 容器镜像服务 ，参考步骤1.连接容器 镜像服务 操作，然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像docker pull swr.${region}.myhuaweicloud.com/eihealth-notebook/eihealth-notebook:${image_version} ${region}：需根据用户实际购买reigon填写。例如，${region}为cn-north-4。 ${image_version}：需根据实际版本填写。例如，${image_version}为cuda11.0-custom-v1.0.8。 在基础镜像中，为您内置了CUDA11.0环境。使用CUDA11.0环境前，需要执行以下命令导入环境变量。 export PATH=$PATH:/usr/local/nvidia/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/nvidia/lib64

编写文件 新建文件后，自动进入文件编写页面，您也可以单击文件名称进入。 图3 编写文件 表1 编写文件页面介绍 区域 区域名称 详细说明 1 文件名称 您可以在此区域填写自定义的文件名称，修改保存后，对应的File列表也将发生变化。 2 菜单栏 菜单栏中有File、Edit、View、Insert、Cell、Kernel、Help等丰富功能。详细说明建议参考Jupyter Notebook使用文档，下方工具栏提供了常用的功能，能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作，从左到右分别为：保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止kernel、重启kernel、重启kernel并重新运行所有Cell。 Code下拉框中有四个选项： Code：写Python代码 MarkDown：写MarkDown代码，通常用于注释 Raw NBConvert：转换工具 Heading：快捷添加MarkDown标题 4 代码Cell 代码单元格。每一个Cell有两种模式：命令模式和编辑模式。 最左侧为蓝色条时，是命令模式，绿色条表示编辑模式（此时Cell中有光标，可以进行代码编写）。在命令模式下，按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下，按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。

查看执行状态 您可以通过单击作业名称，进入详情页面，查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮，在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用；在作业的子任务中可以查看日志、事件；在事件页签，可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业，则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业，鼠标指向作业状态，在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。同时，使用不同颜色提示执行状态，特别是对于由多个应用构成的分析作业，通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色：运行成功。 红色：运行失败。 蓝色：等待运行。 灰色：被取消运行。 蓝色圆圈：运行中。 作业运行的时间，可以通过“概述”列的进度条进行查看。进度条中的颜色与应用状态颜色对应。单击进度条中的颜色块，可以展开并查看应用的运行日志，最多可以显示5000条日志。 分析作业创建后，可以通过“事件”查看容器执行该作业时的动作和状态，单击图标，展开“事件”。 图1 作业详情 如果作业显示运行正常，但实际作业中的某一个应用运行失败，请检查输入数据是否正常，并修改算法程序入口的main函数，保证运行结果有显式的返回值。 故障说明 作业运行时，每个应用称之为一个任务（Task）。部分场景下，任务输入数据异常，实际作业运行失败，但界面显示运行正常。 作业中子任务没有返回正确的值，但是容器仍正常退出return 0，此时判定为子任务已正确执行。 实际上作业的子任务对应的就是K8S中的一个Pod，其返回状态就是Pod的phase映射，即容器以非0状态退出或者被系统终止会算做失败；容器return 0并且不再重启即算成功。详细内容介绍请参见Pod的生命周期。 处理建议 所有的算法程序的入口main函数都显式的给出返回值，即正确执行则return 0。其他异常场景return其他数值或者抛出异常，并输出相关日志。 # python def funcA(): try: doSomething(); except: log.print("An exception occurred, xxxxx"); raise 自定义异常; def funcB(): result = doSomething(); return result; if __name__ == '__main__': funcA(); result = funcB(); if result: sys.exit(1); else: sys.exit(0); # c++ int main(){ int result = doSomething(); if(result != 0){ return -1; } else{ return 0; } }

OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图 通过OBS同步数据所示。 图2 通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套 EIHealth 平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。

流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。 单击参数名称，可查看参数的详细信息。 单击输入参数图标，可指定输入数据路径。输出数据路径在新建流程和运行分析作业时可指定。

新建流程 单击“新建流程”，进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具，详细介绍请参见流程设计器。新建流程时，自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息，填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数，包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项，其他参数可选填。 图2 流程参数 填写“超时时间”、“输出路径”。 为可选参数，基于流程创建分析作业时，该参数可重新定义。 “超时时间”指作业运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟，即作业运行至多100天。 “输出路径”指运行分析作业时的输出结果存放路径。 例如，gene-assets项目中的output文件夹，输出路径格式为/gene-assets/output。 图3 流程参数 将左侧应用列表中的应用，拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程，通过连接线指定输入、输出关系进行链接。 鼠标移动至应用中，会出现一个“空心圆”，拖动“空心圆”，将连接线挪动到目标应用上。 图4 搭建流程 只有当应用的输入、输出参数类型相同时，才可以进行连接。例如，将app1和app2链接起来，app1的输出，app2的输入均为file类型。 单击应用图标，弹出编辑、删除、复制图标，可对应用执行相应操作。 图5 编辑应用 单击按钮，进入参数设置页面，可查看修改参数。 名称：应用的原始名称。 版本：应用版本。 显示名称：应用在流程中的显示名称，可修改。 镜像启动命令：镜像启动的命令。可在右上角放大查看，在右下角下拉查看。 源项目：显示应用隶属的项目。 输入参数：由用户在创建应用时定义。 输出路径：输出数据的存放路径，可修改。 高级参数：CPU需求、Memory需求、GPU类型、GPU需求，请按照使用需求进行设置；CPU架构、计算节点标签，不可修改。GPU包含NAIDIA架构GPU和自研的D310+ARM。选择GPU资源时，需要您在购买平台时包含了GPU资源，并且需要应用支持GPU运行。选择D310+ARM时，需要应用支持ARM环境运行，并在创建应用时，镜像系统为ARM类系统。 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），在编排流程时，如果“输出路径”修改为空，实际作业输出结果依然默认存在该路径。最终输出结果路径按照“流程输出路径/作业名称-UUID/Task输出路径/应用输出路径”规则生成。 单击界面上方按钮，保存流程。并提示“流程保存成功”。 创建好的流程，将显示在流程列表中。

导入流程 导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中，流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”，进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程，选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项，可以使用原有名称，或自定义。 图2 导入流程 单击“确定”，导入流程。 父主题： 工具管理

流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过界面右下角快速定位按钮使流程显示在画布中央。 可通过界面右下角规整排列按钮使流程连线排布整齐。

工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像，并将镜像上传至EIHealth平台，通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中，以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用，并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间，可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中，以列表形式展示了项目中的流程。您可以新建流程、导入流程或上传流程，并查看流程详情、版本、创建者、修改和创建时间，可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、编辑修改流程、删除操作和基于该流程创建分析作业。 图2 流程列表 父主题： 工具管理

步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性 云服务器ECS 搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器E CS ，并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时，可以选择ECS的操作系统。例如，ECS如果为Linux操作系统，可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.shsh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令，如果显示如下类似信息，表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功

步骤2：制作镜像 方法1：直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM ubuntu:16.04# FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包RUN apt-get update && apt-get upgrade -y \ && apt-get install -y default-jre perl wget zip# 下载FastQC，解压缩，设置FastQC可执行权限RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \ && unzip fastqc_v0.11.5.zip \ && rm fastqc_v0.11.5.zip \ && chmod +x /FastQC/fastqc# 将FastQC添加到环境变量中ENV PATH "/FastQC:$PATH" 按键盘Esc键，并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t fastqc:v0.11.5 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。

步骤4：创建应用 登录EIHealth平台，在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。 图2 新建应用 填写应用的基本信息。 “名称”填写fastqc，“版本”填写v0.11.5.2。“图标”、“标签”、“短描述”、“描述”可选填。 图3 填写基本信息 选择镜像。 单击“选择镜像”，在“自定义镜像”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。 依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。 fastqc软件输入参数填写为input-file、threads，输出参数为output-dir，则镜像启动命令如下所示。 使用-t命令，指定运行所需的线程数量。-o命令，指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。 fastqc -t ${threads} -o ${output-dir} ${input-file} 选择“X86”CPU架构，CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。 按需填写内存大小，单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小，建议至少1GB。计算节点标签可将作业运行于指定的资源节点上，标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明，了解命令。 图5 FastQC命令 填写所需的输入参数。 图6 输入参数 填写所需的输出参数。 因镜像启动命令中指定了输出参数，设置输出参数时，需勾选“必传”，并填写“默认值”。例如，输出结果默认存放在fastqc_output文件夹中。 图7 输出参数 单击“立即创建”，完成fastqc应用的创建。 创建完成后的应用，将显示在应用列表中，您可以使用该应用创建分析作业。

获取创建分析应用的镜像 创建分析应用时，您可以通过Docker Hub等镜像仓库，搜索引擎，自己制作等途径获取所需的镜像。 例如，可在Docker Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。

获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像，依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像，您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务，参考步骤1.连接容器镜像服务操作，然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像docker pull swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/eihealth-notebook/eihealth-notebook:cuda11.0-custom-v1.0.8 在基础镜像中，为您内置了CUDA11.0环境。使用CUDA11.0环境前，需要执行以下命令导入环境变量。 export PATH=$PATH:/usr/local/nvidia/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/nvidia/lib64

镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Ranger软件封装为镜像，并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入，利用应用搭建分析流程，执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序，用于代码的编写、调试、运行。创建Notebook时，您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时，您可以基于EIHealth提供的基础镜像包制作自定义镜像，并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建Notebook。 创建Notebook时，如果使用自定义镜像。该自定义镜像，需要基于EIHealth平台提供的基础镜像进行制作。

安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎，可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装，用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.shsh get-docker.sh 容器镜像服务支持使用容器引擎1.11.2及以上版本上传镜像。 父主题： 镜像管理

数据审计 平台通过 云审计 服务（ CTS ）提供操作记录的收集、存储和查询，审计操作可以设置导出用户的写操作（默认）和读操作（可选），保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期，下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志，查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“设置”页面下载最近7天的数据审计日志，其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。 图2 数据审计

禁止/允许删除数据 您可以对某个数据设置禁止删除。设置禁止删除后，该目录只能添加数据，不支持删除数据。也可以通过“允许删除”取消禁止删除设置。 图7 开启禁止删除数据 支持设置最多15个数据的禁止删除状态。 如果平台或者父目录设置禁止删除状态，则对应的数据根路径或者子路径均为禁止删除状态，子路径不支持同时设置允许删除状态；如果平台或者父目录设置允许删除，则之前子路径设置的禁止删除权限失效，全部子路径允许删除。

恢复数据 平台支持数据的恢复机制，您可以将归档的核心数据进行恢复，避免造成损失。 数据归档成功后，可以在“归档”页面查看归档记录，并进行恢复、删除操作。归档恢复时，您可以将数据恢复至本项目或有权限的其他项目。 数据归档成功后，选择“归档”页签。 图10 选择归档页签 选择需要恢复的数据，单击操作列“恢复”。在恢复归档数据页面，选择需要恢复数据的位置和数据。 图11 选择恢复数据的位置 单击“确定”。

操作记录 在操作记录页签，您可以按照“操作类型”、“资源类型”、“操作用户”、“项目名称”和“状态”对消息进行筛查。 例如，删除数据时，消息中心会显示数据所属的项目、资源的类型、删除操作的状态、操作人等信息。消息中心中呈现的内容请参见表 消息类型、表 执行状态说明。 图6 操作记录 表2 操作类型 操作类型 说明 PROJECT_DELETE 项目删除。某个项目开始删除、删除失败、删除成功时给予消息提示。 DELETE_DATA 数据删除。删除数据时给予消息提示，删除结果给予消息提示。 CLONE_DATA 数据拷贝。数据拷贝时给予消息提示，拷贝结果给予消息提示。 IMPORT_DATA 数据导入。数据导入时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA 归档数据。归档数据时给予消息提示，归档结果给予消息提示。 RESTORE_DATA 恢复数据。恢复数据时给予消息提示，恢复结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA_DELETE 删除归档数据。删除归档数据时给予消息提示，删除结果给予消息提示。 IMPORT_NETWORK_DATA 导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示，订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN 消息清理。消息中心的消息总和超过设置值时，进行消息清理。 表3 执行状态说明 执行状态 说明 SUCCEED 执行成功。 FAILED 执行失败。 PRO CES SING 数据删除、导入等操作正在处理中。 START 项目删除操作开始执行。 RUNNING 分析作业运行中。 PENDING 分析作业等待处理中。 CANCELLED 取消作业。 对于“JOB_STATUS”类型的消息，可单击图标，跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知 按照用户权限进行划分，只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。

添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户，才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 操作步骤 添加项目成员有两种不同的方法，请任选其中一种方法操作。 方法一 单击项目名称，进入项目“设置”页。 单击“添加”，添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”，设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”，将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中，单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。 图5 输入用户名全称 单击“添加”，设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图6 设置成员角色 单击“确认”，将用户添加至项目中。

上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套EIHealth平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。

设置项目存储容量 平台支持项目管理员以上角色，配置项目的最大存储量。 单击项目名称，在项目页面选择“设置”。 在项目详情页面，单击“已用存储量”后面的。 图6 设置存储容量 开启容量限制开关后，设置最大存储量。 图7 容量限制 设置成功后，单击“确定”。 项目存储量15分钟刷新一次，如果设置了项目最大存储量，项目数据达到最大存储量后，数据上传、复制、导入、执行的作业、notebook的使用会失败。

启动作业后作业一直处于已提交的状态 问题现象 作业投递后一直处于已提交的状态。 问题排查和解决方案 查看execution log， 若execution log为空，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log 提示K8S pod can‘t be scheduled，请根据日志信息扩容计算资源。 execution log提示can't lock file，重试或者克隆作业即可。 execution log提示java.text.ParseException: Unparseable date，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log提示其它因脚本语法的问题，请根据报错信息进行修改，若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。

作业状态 运行中：作业创建成功，执行中。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败：作业运行失败。可单击作业名称，进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功：作业运行成功。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。 已提交：作业创建成功，但未运行。已提交的作业允许取消、克隆。 已取消：取消已提交或者运行中的作业。已取消的作业允许重试、删除、克隆。

安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取：可以选择版本，目前支持选择的安装包版本v22.10.6，v22.10.0，v22.04.0。 上传安装包：用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式，您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。 图2 选择安装方式 单击“开始安装”。